利用转录组学技术解析日本脑炎病毒的核心遗传特征和信号通路

《VirusDisease》：Deciphering core genetic and pathway signatures of Japanese encephalitis virus using transcriptomics

本研究利用生物信息学分析NCBI-GEO数据库的3个GSE数据集，筛选出1601个差异表达基因（DEGs），包括1103个上调和498个下调基因。通过Cytoscape、MCODE和CytoHubba鉴定出37个核心基因（Hub genes），其中ACTB、ALB等位列前十，ACTB为最显著节点（度值243）。这些基因为JEV治疗提供新靶点，深化了JEV分子机制认知。

　　

摘要

日本脑炎病毒（JEV）是一种由蚊子传播的人畜共患病，在亚洲的致死率很高，每年导致约68,000例严重神经系统疾病和死亡病例。尽管该病毒普遍存在，但目前尚无针对JEV的特异性治疗方法。本研究利用生物信息学技术来识别潜在的治疗干预分子靶点。从NCBI-GEO数据库中检索了三个GEO数据集（GSE39740、GSE57330和GSE115167）的数据，并使用R语言的simpleaffy包对这些数据集中的差异表达基因（DEGs）进行了分析。利用clusterProfiler对差异表达基因进行了基因本体论和通路富集分析。通过Cytoscape识别出枢纽基因和疾病网络，同时使用MCODE和CytoHubba生成了功能相关的基因簇。通过热图和火山图来可视化差异表达基因的调控模式。分析共鉴定出1,601个差异表达基因，其中1,103个基因上调，498个基因下调。在这些基因中，识别出37个枢纽基因，排名前10的分别是ACTB、ALB、CASP3、CDK4、CXCL10、CXCL8、CXCR4、DDX58、DICER1和EGR1。值得注意的是，ACTB作为连接度最高的基因（度为243）脱颖而出。这些枢纽基因具有成为治疗靶点的潜力，有助于我们更深入地理解与JEV相关的分子通路。本研究的结果为日本脑炎病毒的生物标志物和治疗靶点的识别做出了重要贡献，为进一步研究以减轻其对全球健康的严重影响奠定了基础。