摩洛哥基因组监测揭示SARS-CoV-2变异株从Alpha到Omicron亚型JN1的演变规律及公共卫生意义

本研究通过全基因组测序技术对摩洛哥2021-2024年间235份SARS-CoV-2阳性样本进行监测，系统追踪了病毒从Alpha/Delta到Omicron亚型JN1的演变轨迹。研究发现Omicron亚型通过累积88-89个氨基酸替换和17个缺失实现免疫逃逸，揭示了摩洛哥作为北非传播枢纽的双向病毒交流模式，为疫苗策略优化和区域联防联控提供了关键科学依据。

　　

在全球新冠疫情持续演变的背景下，病毒变异株的不断出现对疫情防控构成了严峻挑战。作为连接非洲与欧洲的重要枢纽，摩洛哥在病毒传播链中扮演着关键角色。然而，此前关于该国SARS-CoV-2变异株的进化研究仅依赖于GISAID数据库的公开序列，缺乏系统性实时监测数据。病毒基因组中刺突蛋白(S蛋白)的持续突变导致免疫逃逸能力增强，特别是Omicron变异株及其亚型的快速更替，使得疫苗保护效果和公共卫生策略面临重大考验。

为填补这一研究空白，由Oumaima Bouddahab领衔的国际研究团队在《npj Viruses》发表了历时四年的基因组监测成果。研究人员采用Illumina NextSeq 2000平台对235例临床样本进行全基因组测序，结合NextClade和Nextstrain等生物信息学工具，系统分析了病毒变异规律。样本来自卡萨布兰卡多家医疗机构，涵盖不同年龄层（5.5%<20岁至14.5%>60岁）和临床症状（79.1%有症状）的患者群体。

变异株动态分布

研究揭示了摩洛哥SARS-CoV-2变异株的阶段性更替：2021年Alpha（37.5%）与Delta（39.2%）共同流行，2022年起完全被Omicron取代。值得注意的是，2024年主导的JN.1.45亚型展现出前所未有的遗传复杂性，携带88个氨基酸替换和17个缺失，包括关键免疫逃逸突变E484K和N501Y。这种突变积累模式与巴西、印度等地报告的疫苗效力下降现象相呼应。

临床与流行病学特征

对人口统计学特征的分析发现，Delta感染者症状显著多于Alpha（p=0.0001）和Omicron（p=0.007）。性别分布显示Alpha与Omicron组间存在差异（p=0.043），可能与病毒嗜性改变有关。系统发育分析显示，Omicron亚型呈现长分支特征，表明其快速进化与跨洲传播能力。

进化与传播模式

通过最大似然法构建的系统发育树显示，JN.1.45已形成独立进化支。迁移模式分析证实摩洛哥在Omicron流行期成为区域传播枢纽，与欧洲、撒哈拉以南非洲保持频繁病毒交流。这种传播动态与南非基因组监测网络报告的结论相吻合。

讨论与展望

该研究首次绘制了摩洛哥SARS-CoV-2变异的全景图谱，为理解病毒在北非地区的适应性进化提供了关键证据。研究者建议：1）在交通枢纽建立哨点监测系统；2）开发适应快速更新的疫苗平台技术；3）加强WHO框架下的区域数据共享。这些发现不仅对摩洛哥的疫情防控具有指导价值，也为全球应对冠状病毒进化提供了范式参考。

研究同时指出，虽然最新变异株的毒力呈现减弱趋势，但其上呼吸道嗜性和高传播性仍对特定人群构成威胁。这凸显了持续基因组监测的必要性，特别是在医疗资源有限的地区。该成果建立的监测框架可扩展应用于其他新发传染病的预警系统，为全球公共卫生安全贡献了重要技术方案。