番茄(S. lycopersicum)突变体遗传定位研究：基于S. pimpinellifolium与栽培种间InDel标记的开发与应用

研究人员通过全基因组重测序比对，开发了番茄野生种S. pimpinellifolium与栽培种Heinz、M82及Micro-Tom间的插入缺失(InDel)标记体系。该研究成功构建含60个InDel标记的遗传图谱，染色体覆盖率达100%，并应用于lazy和wiry leaf突变体的快速定位，发现AGO7基因无义突变导致Micro-Tom叶片卷曲表型。这套标记系统为番茄分子育种提供了高效经济的性状定位工具。

　　

这项研究开创性地利用全基因组重测序技术，系统比对了番茄野生种红醋栗番茄(Solanum pimpinellifolium)与三个栽培种——海因茨(Heinz)、M82和微型汤姆(Micro-Tom)之间的基因组差异。研究人员如同基因组"侦探"般，精准捕捉到60个具有多态性的插入缺失(InDel)变异位点，其中海因茨与M82共享76.67%(46个)、与微型汤姆共享80%(48个)的标记，这些标记如同染色体上的"路标"，通过PCR验证后均匀分布在所有12条染色体上。

研究团队巧妙运用这些分子标记开展"粗定位狩猎"，成功将lazy突变体锁定在M82品种第5号染色体5-61兆碱基(Mb)的区间，而wiry leaf突变体则被追踪到微型汤姆第1号染色体的AGO7基因——测序揭示该基因存在导致提前终止密码子的致命突变。这些InDel标记就像遗传学家的"瑞士军刀"，兼具低成本和高效率的优势，为番茄重要农艺性状的分子设计育种提供了全新的解决方案。