基于计算生物学探索天然抑制剂靶向 Karachi 株福氏耐格里阿米巴毒素蛋白的 therapeutic potential

这篇研究采用计算生物学方法（包括分子对接、虚拟筛选和分子动力学模拟）鉴定天然化合物 himbacine 作为 Karachi 株福氏耐格里阿米巴（Naegleria fowleri）毒素蛋白的高效抑制剂（结合能-8.7 kcal/mol）。通过 AlphaFold2 结构预测、ADMET 药代动力学分析和 DFT 计算，证实该化合物具有低毒性、高反应活性和稳定性，为致命性原发性阿米巴脑膜脑炎（PAM）的植物源药物开发提供新策略。

　　

Highlight

毒素蛋白的检索与功能分析

通过 SOFTBERRY FGENESH 2.6 数据库获取 Karachi_NF001 株福氏耐格里阿米巴（Naegleria fowleri）的毒素蛋白（登录号 OD956727.1）。UniProt 和基因本体（GO）数据库的功能注释显示，外显子 E1-E5 编码的蛋白分别属于 RNase H 型 1 结构域蛋白、离子转运结构域蛋白、MIR 结构域蛋白及 SURF1 样蛋白家族。

讨论

福氏耐格里阿米巴（俗称"食脑阿米巴"）引发的原发性阿米巴脑膜脑炎（PAM）死亡率超 97%，尤其在卡拉奇地区暴发后引发公共卫生关注。尽管两性霉素 B 是常用治疗药物，但其疗效有限且副作用显著。本研究通过计算模拟发现植物源化合物 himbacine 能高效靶向假设蛋白 4（结合位点涉及氢键和疏水作用），其小 HOMO-LUMO 能隙（DFT 分析）和稳定复合物构象（分子动力学模拟）展现出显著治疗潜力。

结论

针对日益增长的 PAM 病例，计算机辅助药物设计（CADD）高效筛选出 himbacine 作为福氏耐格里阿米巴毒素蛋白的非毒性高亲和力抑制剂，为后续体外/体内实验奠定基础。

未来方向与局限性

当前研究仅聚焦计算分析，后续需通过湿实验验证天然抑制剂的治疗效果。

声明部分

（按原文结构保留标题，内容从略）