基于全长16S rRNA与非靶向RNA测序的废水细菌病原体检测：多相分析框架与专家可靠性评估

这篇研究通过整合全长16S rRNA（DNA）与非靶向RNA测序技术，结合四种生物信息学流程（Kraken2/QIIME2/DIAMOND），建立了废水细菌病原体检测的多相分析框架。研究在底特律废水中鉴定出889种潜在致病菌（如Acinetobacter、Klebsiella），并通过专家可靠性排名（expert reliability ranking）验证了RNA-Kraken2与DNA-Kraken2联用方案的分类学优势，为废水流行病学（WBE）监测提供了新方法。

　　

Highlight

本研究通过多相分析方法（结合DNA与RNA监测）在底特律废水中发现：DNA测序显示50%的读数关联潜在致病菌，而RNA测序为33%。四种生物信息学流程（DNA-Kraken2、DNA-QIIME2、RNA-DIAMOND、RNA-Kraken2）分别检测到70、270、118和319种人类致病菌，共鉴定出889种潜在病原体。其中，Acinetobacter、Klebsiella、Streptococcus和Flavobacterium被所有方法共同检出。

Insights into detecting human-associated pathogens in wastewater using metagenomics

严重人类病原体如Salmonella（沙门氏菌）在废水中的检出与临床病例显著相关。近期研究还报告了Chlamydia trachomatis（沙眼衣原体）和Treponema pallidum（梅毒螺旋体）的废水监测数据，证实废水宏基因组学可捕捉传统临床监测遗漏的病原体。

Conclusion

本研究提出的多相分析框架（整合全长16S rRNA、RNA测序与专家可靠性排名）显著提升了废水细菌病原体检测的准确性，为公共卫生应急响应和新兴病原体追踪提供了创新工具。