空间增强分辨率单细胞测序技术Stereo-cell：基于高密度DNA纳米球阵列的多模态分析平台

为解决单细胞测序技术在通量、灵敏度和细胞类型兼容性方面的瓶颈，研究人员开发了基于高密度DNA纳米球(DNB)阵列的Stereo-cell平台。该技术实现了200至百万级细胞的精准捕获，支持转录组与蛋白质组多模态整合，成功解析了卵母细胞、多核肌纤维等特殊细胞的亚转录组空间信息，为微环境分析和细胞互作研究提供了新范式。

　　

这项突破性研究展示了一种革命性的空间增强分辨率单细胞测序技术——Stereo-cell。该平台利用高密度DNA纳米球(DNB)阵列的平面架构优势，摆脱了传统液滴包裹的限制，实现了从微小细胞外囊泡到巨型卵母细胞的广谱捕获。在人类外周血单核细胞(PBMCs)的基准测试中，其转录组数据质量媲美主流液滴系统，且对造血干祖细胞等稀有群体的检出更接近流式细胞术的黄金标准。

通过结合深度学习辅助的细胞分割和成像去卷积算法，系统将双细胞率控制在极低水平。更令人振奋的是，整合多重免疫荧光(mIF)和抗体条形码技术(CITE-seq)后，平台可同步解析mRNA与蛋白标记，揭示了RNA单独分析时被掩盖的免疫激活状态异质性。在成纤维细胞实验中，不仅捕捉到细胞对刺激的响应，还首次实现了培养条件下微环境信号和囊泡样结构的原位解析。

对于骨骼肌多核肌纤维这类"测序难题"，Stereo-cell在保持亚细胞分辨率的同时，通过空间基因模块分析成功绘制出转录本的空间分布图谱。这种兼容常规显微镜观察的设计，使得RNA染色验证与功能研究得以无缝衔接。该技术框架的建立，为研究细胞互作、微环境调控等前沿问题提供了前所未有的多维度解决方案。