靶向序列捕获揭示Lasiopetaleae族（锦葵科）属间界限与杂交事件

这篇研究通过靶向序列捕获技术（target sequence capture）结合Angiosperms353和OzBaits两种探针组，解析了锦葵科Byttnerioideae亚科Lasiopetaleae族内Guichenotia、Lasiopetalum等4个争议属的系统发育关系，发现现存属均为并系群，并首次通过核基因数据验证了属间杂交事件。研究为分类修订提供了基因组证据，同时对比了HybPiper与SECAPR组装方法的性能，为复杂植物类群系统学研究提供了方法论参考。

　　

Highlight

靶向序列捕获技术为解析Lasiopetaleae族（锦葵科）复杂的系统发育关系提供了新视角。本研究利用Angiosperms353（A353）和OzBaits两种探针组，对144份样本的388个核基因位点进行捕获测序，通过HybPiper和SECAPR双管道组装数据，结合串联分析与溯祖模型，揭示了Guichenotia、Lasiopetalum等属的并系性质。

主要发现

1. 1.

   属级分类的基因组证据：当前属的划分与基因组谱系存在冲突，例如Guichenotia属部分物种可能需独立成属。

2. 2.

   杂交信号检测：利用HybPhaser和相位组装技术，发现Thomasia × formosa等样本存在属间杂交特征，其杂合位点支持双亲来源假说。

3. 3.

   方法学对比：A353探针捕获位点数（341-348个）显著多于OzBaits（93个），但后者在近缘类群中表现更稳定；SECAPR与HybPiper的组装一致性达87%，但后者对杂交样本更敏感。

系统发育冲突的成因

基因树-物种树冲突主要源于：

• •

  快速辐射进化导致的不完全谱系分选（ILS）

• •

  近缘种间的基因流（如Lasiopetalum与Thomasia）

• •

  多拷贝基因的平行演化

分类学启示

提出两种修订方案：

1. 1.

   大幅合并现有属（涉及108个分类单元）

2. 2.

   复活2个历史属并建立2个新属，以最小化命名变动

Conclusion

该研究首次在基因组尺度上揭示了Lasiopetaleae族复杂的演化历史，为处理快速辐射类群中的杂交与分类难题提供了范式。多探针组合与生物信息学管道的比较结果，对植物系统基因组学研究具有普适性指导意义。