图形摘要
点击化学（click chemistry）提供了一种简单的方法来制备基于吡咯[2,1-c][1,4]苯并二氮卓（PBD）的DNA结合剂。通过热变性分析、质谱法和DNase I足迹法验证了这些“点击”后的PBD异二聚体具有DNA结合和共价交联的能力。其中一个异二聚体引发了强烈的DNA交联和细胞毒性，表明其在活细胞中的二聚化潜力。
摘要
小分子药物对DNA双链的共价交联是抗癌治疗中经过验证的机制。吡咯[2,1-c][1,4]苯并二氮卓（PBDs）已被证实是强效的DNA结合剂，在二聚化时能够实现链间和链内的DNA交联，并已被用作多种抗体-药物偶联物（ADCs）中的细胞毒性载荷。在这项研究中，我们探讨了点击化学制备PBD异二聚体的潜力。异二聚体D1–D4是通过铜催化或菌株促进的叠氮-炔环加成反应（SPAACs）从相应的单体M1–M4和MbA制备得到的。通过DNA热变性分析、一种新开发的基于质谱的方法（用于检测单链和双链修饰）以及DNase I足迹法评估了单体和二聚体与DNA的相互作用。所有方法都证明了D1的DNA结合和交联能力。在三种细胞系中的毒性测试显示，单体M1和M4以及二聚体D1和D4具有最强的毒性。点击化学方法为获取更大规模的基于PBD的DNA结合剂库提供了便捷途径，包括在活细胞中进行二聚化的选项。
1 引言
DNA小沟结合剂是一类具有重要抗癌和/或抗菌特性的化疗药物。其中，吡咯[2,1-c][1,4]苯并二氮卓（PBDs）因其能够以序列特异性方式与DNA共价结合而受到深入研究。1]这类化合物源自链霉菌属产生的天然产物，例如蒽霉素或tomaymycin（见图1A）。[2, 3]它们的三环结构由一个取代的芳香A环、一个二氮卓B环和一个吡咯烷C环组成。其结构中的两个特征对生物活性至关重要：C11a位置的S构型手性中心呈右手螺旋形状，使分子能够适配到DNA的小沟中，[4]；以及用于与鸟嘌呤碱基的外环N2-氨基共价结合的亲电亚胺基团（见图1B）。[5-7]
