台湾柑橘根际生防菌Bacillus velezensis Tcba05全基因组解析及其多重植物病害防控机制

来自台湾的研究团队报道了具有多重植物病害生防潜力的Bacillus velezensis Tcba05菌株全基因组序列。该菌分离自柑橘根际土壤，通过混合组装策略获得4.03 Mb环形染色体，含3,825个蛋白编码基因，经ANI分析重新分类为B. velezensis，为作物真菌（Fusarium）和细菌（Xanthomonas）病害防控提供新资源。

　　

这项研究完整揭示了台湾特色生防菌株Bacillus velezensis Tcba05的基因组密码。该菌株最初从北纬23.725745、东经120.852890的柑橘根际土壤中分离，经鉴定展现出对尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)和野油菜黄单胞菌(Xanthomonas campestris)的显著抑制能力。

研究团队采用创新性的混合测序策略：结合Illumina NovaSeq X Plus平台产生13,589,230条高质量配对末端读长(Q30达91.82%)，以及牛津纳米孔技术(ONT)MinION平台获取N50达47,236 bp的长读长数据。通过Unicycler智能组装，成功构建出4,027,462 bp的完整环形染色体(GC含量46.5%)，测序深度分别达到Illumina 509X和ONT 81X。

基因组分析发现该菌含有9个完整rRNA操纵子、86个tRNA基因及5个非编码RNA。通过与模式菌株B. velezensis KCTC 13012^T的比较基因组分析，显示97.48%的平均核苷酸同源性(ANI)和92.31%的基因组比对覆盖率，据此完成菌株分类学修正。BUSCO评估证实基因组完整性高达99.8%，为后续功能研究奠定基础。

该菌株基因组中预测的3,825个编码基因，特别是次级代谢产物合成基因簇，为解析其防控豆类镰刀菌枯萎病和甘蓝黑腐病的分子机制提供了关键线索。研究采用的杂交组装技术和严谨的验证流程（包括BWA/Minimap2比对和IGV可视化核查）为微生物基因组研究提供了技术范本。

台湾农业试验所与中央研究院的合作团队通过该项目，不仅扩充了植物病害生物防治的菌种资源库，更建立了从环境分离到基因组解析的完整研究体系，为可持续农业发展提供了微生物组解决方案。