菊花根际促生菌Pantoea anthophila PGPR-34基因组草图揭示植物-微生物互作分子机制

来自孟加拉国吉大港大学的研究人员对菊花根际分离的Pantoea anthophila PGPR-34菌株进行全基因组测序，获得4.78 Mb基因组草图（GC含量56.8%），预测到4,463个蛋白编码基因及植物互作相关功能基因簇，为解析植物促生机制(PGPR)和可持续农业应用提供重要资源。

　　

科研人员从孟加拉国吉大港大学北校区附近(22°28′49.4″N 91°47′39.7″E)的菊花根际土壤中分离出一株具有多重促生特性的细菌——Pantoea anthophila PGPR-34。该菌株在LB培养基上30°C纯化培养后，经16S rRNA基因测序(GenBank OQ845745.1)显示与模式菌株P. anthophila LMG 2558相似度达99.78%。

利用Illumina iSeq 100平台进行全基因组测序，获得42×覆盖度的840,726对读长。经FastQC质控和Trim Galore修剪后，使用Unicycler组装出43个contigs的4.78 Mb基因组草图(N50=267,216 bp)，GC含量56.8%。DFAST分析显示基因组完整度99.67%，编码区占比87.3%，与模式菌株平均核苷酸相似性(ANI)达98.65%。

Prokka和Bakta注释系统鉴定出4,463个蛋白编码基因、3个rRNA、32个tRNA及40个ncRNA。RAST和BlastKOALA功能预测揭示了丰富的植物互作相关基因：包括磷酸盐溶解、硝酸盐/硫酸盐同化、铁载体合成等营养获取系统；γ-氨基丁酸(GABA)和有机酸合成等次级代谢通路；以及应对氧化、渗透等多种胁迫的应激调控网络。特别值得注意的是鞭毛组装和趋化相关基因的富集，暗示该菌株具有主动定殖植物根际的能力。

这项由吉大港大学资助的研究，不仅为Pantoea属细菌的生态适应性研究提供了新数据，其携带的植物促生(PGPR)功能基因库更为开发新型微生物肥料奠定了分子基础。