日本草莓源荧光假单胞菌严格种两菌株的基因组草图测序及其分类学意义

来自日本的研究人员针对全球广泛使用的荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)菌株分类混乱问题，对MAFF 301597和MAFF 301598两株草莓分离菌株进行全基因组测序。通过平均核苷酸相似性(ANI)分析证实其与模式菌株ATCC 13525T的ANI值达99.4%，首次明确这两株日本农业微生物资源库保藏菌株为严格意义上的P. fluorescens sensu stricto，为后续研究提供了可靠的基因组参考数据。

　　

这项研究揭示了日本草莓中分离的荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)严格种的基因组特征。科研人员对MAFF 301597和MAFF 301598两株1985年采集自栃木县的菌株进行了深度基因组解析，采用DNBSEQ-G400测序仪进行2×200bp双端测序，获得覆盖度高达340-357×的高质量数据。

基因组组装显示，两株菌的基因组大小分别为6.63Mb和6.45Mb，GC含量均为60%左右。通过OrthoANIu在线工具计算，其与模式菌株ATCC 13525^T的平均核苷酸相似性(ANI)高达99.4%，远超95%的分类阈值。这为长期以来困扰学界的"真假荧光假单胞菌"之争提供了确凿证据——此前NCBI数据库中200余株所谓P. fluorescens中，仅9株符合严格种标准。

研究团队采用创新性的多基因联合鉴定策略，同时分析16S rRNA和rpoD管家基因序列（与模式菌株相似度>99%），结合全基因组水平ANI分析，建立了可靠的分类学鉴定体系。测序数据已存入国际数据库（登录号BAAHPZ000000000和BAAHQA000000000），为农业微生物资源开发和植物病原菌防控研究提供了重要参考。