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RENDER平台:基于病毒样颗粒递送CRISPR表观基因组编辑核糖核蛋白的突破性技术
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年08月27日 来源:Nature Communications 15.7
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本研究针对CRISPR表观基因组编辑器(如CRISPRoff)因体积过大导致的递送难题,开发了RENDER(Robust ENveloped Delivery of Epigenome-editor Ribonucleoproteins)平台。通过工程化病毒样颗粒(eVLPs)成功实现了CRISPRi、DNMT3A-3L-dCas9和CRISPRoff等表观编辑器的瞬时递送,在多种人类细胞(包括原代T细胞和iPSC来源神经元)中实现持久基因沉默(如Tau蛋白降低63%)。该技术克服了AAV载体容量限制和mRNA电转毒性问题,为神经退行性疾病治疗提供了新策略。
在基因治疗领域,表观基因组编辑技术因其不改变DNA序列的特性备受关注。然而,传统CRISPR-based表观编辑器如CRISPRoff(约7.2kb)因体积庞大难以通过AAV载体递送,而mRNA电转又存在细胞毒性问题。更棘手的是,神经元等难转染细胞对现有递送技术响应不佳,这严重阻碍了其在神经退行性疾病治疗中的应用。如何实现高效、安全的表观编辑器递送,成为制约该技术临床转化的关键瓶颈。
针对这一挑战,Da Xu、Swen Besselink等研究者开发了RENDER递送平台。该研究主要采用四大关键技术:(1)工程化病毒样颗粒(eVLPs)包装系统,通过优化gag-CRISPRoff与gag-pol比例(90:10)提升装载效率;(2)多细胞类型验证体系,涵盖HEK293T、Jurkat等8种细胞系及原代T细胞;(3)全基因组DNA甲基化测序(WGEM-seq)和RNA-seq评估编辑特异性;(4)iPSC-derived神经元模型,靶向MAPT基因V337M突变体评估Tau蛋白沉默效果。
eVLPs enable delivery of various epigenome editor RNP into human cells
研究团队首先改造BE-eVLP系统,将碱基编辑器替换为CRISPRi、DNMT3A-3L-dCas9和CRISPRoff等表观编辑器。通过ELISA和Western blot证实CRISPRoff-eVLPs成功包装(图1c,d),在HEK293T-CLTA-GFP报告系统中实现最高92%的基因沉默(图1f)。值得注意的是,采用ZIM3 KRAB结构域比传统KOXI KRAB沉默效果提升3.9倍。
Rational optimization of RENDER-CRISPRoff
通过系统优化发现:提高gag-CRISPRoff比例至90%时沉默效率最佳(图2d);增加sgRNA质粒量可进一步提升编辑效率(图2e)。最终获得的RENDER-CRISPRoff v3版本在HEK293T细胞中实现持续49天的基因沉默(图2g),在H2B-GFP模型中沉默效率达99%(图2i)。
RENDER-CRISPRoff editing across various human cell types
平台在8种细胞系中展现广泛适用性:在Jurkat细胞中CD55沉默效率>80%,U87 MG细胞中CD81沉默效率>82%(图3a)。WGEM-seq显示CD55启动子区甲基化显著增加(图3b,c),RNA-seq证实编辑高度特异(图3d,e)。通过共包装多sgRNA,成功实现Jurkat细胞中CD55/CD81双基因沉默(46%)(图3g)。
Epigenome editing in primary human T cells with minimal effect on cell viability
相比mRNA电转(存活率58%),RENDER处理的原代T细胞存活率达91%(图4b,c)。CD55沉默效率在11天后仍保持稳定(图4d),为CAR-T细胞改造提供了新选择。
Therapeutic epigenome editing in iPSC-derived neurons
在iPSC-derived神经元中,单次RENDER处理即可实现CD81持久沉默(79%)(图5b,c)。靶向MAPT V337M突变体时,Tau蛋白水平降低63%(图5d,e),为tauopathies治疗提供了潜在方案。
这项研究通过RENDER平台实现了三大突破:首先,解决了大分子量表观编辑器的递送难题,eVLPs装载效率较传统方法提升4.4倍;其次,首次证明CRISPRoff-RNP可在神经元中建立持久表观沉默;最后,为原代细胞编辑提供了高存活率方案。该技术不仅克服了AAV载体容量限制,其瞬时特性还显著降低了脱靶风险。特别值得注意的是,在MAPT V337M突变神经元中实现的Tau蛋白抑制,为阿尔茨海默病等tauopathies的"一次治疗、长期有效"提供了新思路。研究者建议未来可结合组织特异性包膜蛋白,进一步拓展其在体内编辑的应用前景。
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