巴基斯坦2024年登革病毒基因组特征与血清型分布研究：揭示流行规律与防控新策略

本研究针对巴基斯坦登革病毒(DENV)持续暴发的公共卫生挑战，通过全基因组测序(WGS)和系统发育分析，揭示了2024年流行株以DENV-2(93%)为主、DENV-1(7%)共循环的血清型分布特征，首次报道了Chilas和Kech地区的病毒基因组数据，发现NS4B:G240S等关键突变，为跨境传播监测和疫苗设计提供分子流行病学依据。

　　

登革热作为全球增长最快的虫媒传染病，每年导致约2.5万人死亡。巴基斯坦自1994年首次暴发以来，已成为登革病毒(DENV)的高流行区，2022年洪灾后病例激增至2.1万例。特别值得关注的是，传统低发区Kech在2024年报告超5000例确诊病例，而Chilas等北部高海拔地区也出现异常疫情，这些现象暴露出当前防控体系存在三大盲区：血清型动态不明、病毒进化轨迹不清、地域传播链路缺失。为此，Zunera Jamal团队在《Infection, Genetics and Evolution》发表的研究，通过多地区协同监测揭开了巴基斯坦DENV流行规律的神秘面纱。

研究团队采用Illumina MiSeq平台对524例NS1阳性样本中的47例进行全基因组测序(WGS)，成功获得33个近完整基因组（DENV-2:23，DENV-1:10）。通过实时荧光定量PCR(real-time PCR)进行血清分型，使用MAFFT和IQ-TREE2构建系统发育树，结合TreeTime进行时间尺度分析，并采用Nextclade进行突变注释。样本覆盖Rawalpindi、Kech等8个地区，包括首次获得基因组数据的Chilas和Kech病例。

血清型分布研究显示，2024年巴基斯坦DENV-2占93%（361/388），DENV-1占7%（27/388），男性患者占比65%，平均年龄30.78±15.03岁。值得注意的是，Kech地区的DENV-2与Rawalpindi毒株相似度>99.8%，提示存在跨区域传播链；而Chilas的DENV-1携带独特的NS4B:G240S突变，可能反映局部适应性进化。

系统发育分析揭示：DENV-2属Cosmopolitan基因型（IV-A/2II_F.1.1支系），与2022-2023年巴基斯坦毒株保持99%同源性，其最近共同祖先(MRCA)可追溯至2018年；DENV-1为III基因型，与2019年本土毒株高度相似。引人注目的是，一例致死病例分离株NIHPAK-246呈现特殊进化分支，其MRCA可追溯至2005年，携带NS5:Y247H等独特突变，可能与临床重症相关。

在讨论部分，作者指出本研究首次证实巴基斯坦进入DENV-1和DENV-2共循环的超地方性流行阶段，这增加了抗体依赖增强(ADE)导致重症的风险。NS4B:G240S等地域特异性突变的发现，为理解病毒在非典型生态区的适应机制提供了线索。该研究建立的基因组监测网络，不仅能预警新发变异株，还可评估Qdenga(TAK-003)等疫苗的匹配度。

这项研究的意义在于：①绘制了巴基斯坦首张DENV分子地理分布图，填补了Balochistan等边远地区的数据空白；②揭示病毒通过人口流动在干旱区持续传播的新模式；③为WHO提出的"登革全球控制战略"提供了本土化实施方案。正如作者强调，在气候变化加剧的背景下，整合基因组监测与跨境联防将成为遏制登革流行的关键武器。