基于家系和低密度扩增子面板的全基因组填充技术助力高多态性太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)低成本选育研究

这篇研究首次实证了利用低密度扩增子面板（592个位点）结合全基因组重测序（WGRS）在太平洋牡蛎中实现全基因组填充的可行性。通过四组经标记辅助选择（MAS）的家系材料，作者验证了三代家系结构可显著提升基因型填充准确度（GC从75.3%提升至84.5%），并成功定位到与OsHV-1病毒抗性相关的新基因组区域（8号染色体）。该研究为水产养殖物种提供了经济高效的基因组选择（GS）解决方案。

　　

Highlight亮点

本研究首次在双壳贝类中实证验证了基于扩增子面板的全基因组填充技术，为高多态性水产物种的基因组选择提供了经济高效的解决方案。通过三代家系数据将基因型准确度提升9.2个百分点，并揭示了太平洋牡蛎8号染色体上新的OsHV-1抗性关联位点。

Discussion讨论

我们使用低密度太平洋牡蛎扩增子面板对经实验室OsHV-1攻毒试验的四组家系进行基因分型。通过结合亲本全基因组重测序(WGRS)数据，成功实现了10条染色体的子代基因型填充。与保留验证集比较显示，填充基因型存在次要等位基因频率(MAF)降低和纯合度富集现象。值得注意的是，利用模拟三代家系数据时，基因型一致性(GC)从两代的75.3%显著提升至84.5%，等位基因剂量相关性(r)从0.63提高到0.73。这些发现与Kriaridou等(2023)的计算机模拟结果一致，证实了家系深度对高多态性物种填充质量的关键影响。

在基因组关联分析(GWAS)中，虽然检测到8号染色体上的显著关联区域，但其位置与既往报道的OsHV-1抗性标记存在差异，暗示该性状可能具有更复杂的遗传架构。这种现象可能与太平洋牡蛎特有的超高多态性(Hedgecock等，2005)、分离扭曲(Launey和Hedgecock，2001)或微单倍型(Thompson等，2025)等特征相关。我们的结果支持Delomas等(2023)的预测，即低密度面板(250-500个SNP)结合家系信息可满足基因组选择需求。

Conclusions结论

本研究首次实证验证了太平洋牡蛎中基于扩增子面板的全基因组填充技术。该技术突破为水产养殖物种的基因组选择提供了经济高效的解决方案，特别适合区域特色养殖环境和多变气候条件下的育种需求。研究结果将指导未来贝类基因组育种策略的制定，通过降低基因分型成本促进育种程序的适应性和可扩展性。