蓝莓病原真菌Diaporthe vaccinii Shear全基因组测序揭示其致病分子机制

来自国内的研究人员通过结合牛津纳米孔（ONT）和Illumina测序技术，完成了蓝莓致病真菌Diaporthe vaccinii CBS 118571菌株的高质量基因组组装。该研究获得60.2 Mb的杂交基因组（64条contigs，GC含量48.3%），BUSCO评估显示99.3%的真菌保守基因完整，为解析其引发枝枯病、茎溃疡等坏死性病害的分子机制奠定基础。

　　

科研团队对蓝莓产业重大病原真菌——Diaporthe vaccinii Shear（菌株CBS 118571）展开基因组解密。该菌株分离自美国密歇根州蓝莓（Vaccinium corymbosum），能引发枝枯病、茎溃疡、叶萎黄及采后果实腐烂等系列坏死性病害（necrotrophic pathogenesis）。

为攻克长片段重复序列组装难题，研究者创新采用牛津纳米孔（ONT）长读长（平均15,336 bp，N₅₀ 24,998 bp）与Illumina短读长（PE150/PE250）的杂交策略。通过机械破碎（Covaris g-Tube）和末端修复（NEBNext系列试剂）构建ONT文库，配合PromethION P48平台测序；同时利用NEBNext dsDNA Fragmentase制备Illumina文库，在NovaSeq 6000上完成245.8X深度覆盖。

基因组拼图游戏由MaSuRCA v3.3.7软件主导，最终呈现60.19 Mb的精妙图谱——64条contigs宛如64块拼图，其中最大片段达4.44 Mb，N₅₀高达1.70 Mb。质量评估显示：Illumina读段比对率97.99%，ONT读段比对率89.92%，BUSCO真菌核心基因集完整度达99.3%（单拷贝98.9%+重复拷贝0.4%）。

这张基因组藏宝图还透露关键线索：48.3%的GC含量、10.14%的重复序列，以及仅0.08%的杂合率。配套产生的8.25 Gb RNA-seq数据（137.1X）更如同解密手册，为后续注释致病相关基因（如细胞壁降解酶、效应蛋白编码基因）提供重要路标。