埃塞俄比亚商业养殖场新城疫病毒分离株全基因组测序揭示新型强毒基因VII亚型

来自埃塞俄比亚的研究人员针对疫苗接种后仍暴发新城疫（ND）的问题，对2023-2024年中央埃塞俄比亚、北沃洛和绍阿地区的NDV分离株进行全基因组测序。研究发现4株基因VII型强毒株（含新型亚型），其F蛋白裂解位点为112RRQKRF117，与疫苗株（LaSota）相似性仅82.5%-84.2%，提示抗原差异可能导致疫苗失效。该研究为东非NDV防控提供重要分子流行病学数据。

　　

在埃塞俄比亚商业养鸡场暴发的新城疫疫情中，研究人员从接种过疫苗仍出现典型症状的鸡群中分离出四株新城疫病毒（Newcastle Disease Virus, NDV）。这些病毒经牛津纳米孔技术（ONT）测序后，显示出15,186和15,192核苷酸两种基因组长度，均属于高致病性基因VII型。

令人警惕的是，这些毒株的F蛋白裂解位点呈现¹¹²RRQKRF¹¹⁷的强毒特征序列，与当地使用的弱毒疫苗株LaSota（¹¹²GRQGR↓L¹¹⁷）存在显著差异。基因组比对显示，这些埃塞俄比亚毒株与伊朗流行株ON184061相似度高达97.6%，而与疫苗株AF077761相似度仅82.5%-84.2%。

研究采用创新的单引物随机扩增（SISPA）技术，结合纳米孔测序平台MinION Mk1B，成功捕获了完整的病毒基因组。生物信息学分析揭示，这些毒株形成了基因VII.1.1亚型的新分支，可能是导致疫苗保护效果下降的关键因素。该发现为理解NDV在东非地区的进化提供了重要线索，也警示需要开发匹配当地流行株的新型疫苗。

（注：技术细节包括QIAamp Viral RNA Mini Kit提取RNA、11日龄鸡胚病毒分离、Kraken2分类鉴定、BWA-MEM基因组组装等）