从叶足蝽中肠隐窝分离的共生菌Caballeronia sp. HLA56全基因组解析及其宿主互作机制

来自日本的研究团队通过PacBio Sequel IIe平台完成Caballeronia sp. HLA56菌株的全基因组测序，该共生菌分离自叶足蝽Hygia lativentris中肠隐窝。研究获得7.78 Mb的完整基因组（含6个环状复制子、7,095个蛋白编码基因），通过dDDH分析证实其为区别于Riptortus pedestris共生菌的新物种，为农业害虫共生调控提供分子靶点。

　　

在半翅目蝽类昆虫（Pentatomomorpha）的后中肠部位，存在着被称为"隐窝"（crypts）的特化共生器官，这里栖息着Caballeronia属的共生细菌。最新研究聚焦于从叶足蝽（Hygia lativentris）中分离的Caballeronia sp. HLA56菌株，采用第三代测序技术PacBio Sequel IIe平台，结合HiFi测序化学方法，成功绘制出该菌株的完整基因组图谱。

实验流程严格遵循标准化操作：采集自日本筑波的成虫样本，通过显微解剖获取中肠隐窝组织，在YG培养基（0.5%酵母提取物/0.4%葡萄糖/0.1% NaCl）上分离纯化菌株。基因组DNA经20/G基因组提取柱（Genomic-tip）纯化后，使用g-TUBE片段化至10-20 kbp，并通过SMRTbell Express模板制备试剂盒构建文库。

数据分析显示，HLA56基因组大小为7,788,499 bp（GC含量61.4%），包含6个环状复制单元，编码7,095个蛋白质基因、10个rRNA和65个tRNA。通过数字DNA-DNA杂交（dDDH）分析，该菌株与Riptortus pedestris的共生菌Caballeronia insecticola RPE64（35.1%）和C. cordobensis RPE67（29.6%）存在显著差异，证实其为新物种。

这项研究不仅完善了昆虫-微生物共生理论体系，更重要的是为开发基于共生调控的农业害虫治理策略提供了分子靶点。研究获得日本科学技术振兴机构（JST）SPRING奖学金和日本学术振兴会（JSPS）KAKENHI项目资助。