日本牛蹄部数字性皮炎中Treponema medium菌株T1的分离与全基因组解析

来自日本的研究人员针对牛数字性皮炎(BDD)致病菌难以分离培养的难题，成功从北海道病牛蹄部样本中分离出Treponema medium T1菌株，采用长短读长测序技术完成3.1 Mb环状染色体组装（GC含量43.8%），通过ANI分析（≥95% ATCC799293）确认菌种，为BDD病原学研究提供重要基因组资源。

　　

牛数字性皮炎(Bovine Digital Dermatitis, BDD)作为一种困扰奶牛养殖业的传染性蹄部皮肤病，其元凶被锁定为包括中型密螺旋体(Treponema medium)在内的多种病原菌。日本科学家从北海道一头M2期症状病牛的蹄间裂隙取样，通过厌氧转运和特殊培养基（含5%绵羊血和双重抗生素的pDDTp broth）成功驯化出T1菌株。

研究团队玩转测序黑科技：先用Illumina MiSeq平台产生93×覆盖度的短读长数据（290Mbp/53万条reads），再配合牛津纳米孔MinION获取68×覆盖度的长读长数据（N₅₀达7,996bp）。通过Unicycler混合组装魔法，最终获得完美闭环的3,100,078bp染色体。

基因侦探们使用DFAST工具包进行注释，并通过平均核苷酸相似性(ANI)比对确认该菌株与标准菌株ATCC799293的亲缘关系。这项研究不仅攻克了密螺旋体"娇气难养"的技术壁垒，更建立了首个牛源T. medium完整基因组参考序列，为开发针对性防控策略埋下伏笔。

经费小贴士：日本学术振兴会(JSPS)和医疗研究开发机构(AMED)为本研究提供了强力后援，资助号包括23K17049和JP20wm0125008等。