海洋源红球菌SJ-1全基因组解析：揭示对氯间二甲酚(PCMX)降解的分子机制

来自中国的研究团队针对抗菌剂对氯间二甲酚(PCMX)的海洋降解难题，完成了首株海洋源红球菌(Rhodococcus ruber)SJ-1的全基因组测序。该菌能在48小时内完全降解30 mg/L PCMX，基因组分析发现19个CYP450基因和5种儿茶酚双加氧酶基因，为阐明海洋环境中PCMX降解通路提供关键分子基础。

　　

在渤海湾潮间带沉积物(E122.15^o, N40.68^o)中，科学家们分离出一株具有特殊本领的海洋细菌——红球菌(Rhodococcus ruber)SJ-1。这株橙红色杆状菌能在含30 mg/L对氯间二甲酚(PCMX)的培养基上茁壮成长，48小时内就能将这种常见抗菌剂"吃干抹净"。

通过太平洋生物科学公司的Sequel IIe测序仪，研究团队绘制出SJ-1的完整基因组图谱：一条5,438,782 bp的染色体和三个质粒(197,992/59,967/41,343 bp)，GC含量高达70.4%。更令人兴奋的是，基因组中藏着19个可能参与解毒的CYP450基因，还有5个儿茶酚双加氧酶基因(包括meta型和ortho型)，这些"分子剪刀"很可能是分解PCMX的关键武器。

实验数据显示，SJ-1对10-30 mg/L的PCMX降解效率最高，40小时就能清理干净。当浓度升至50-60 mg/L时，虽然降解速度放缓，但这株菌仍展现出惊人的忍耐力。通过蓝蜻蜓(BluePippin)系统筛选大片段DNA，结合Canu软件组装，研究者获得了高质量的基因组草图。

系统发育分析更是坐实了SJ-1的身份——它与模式菌株R. ruber NBRC 15591的ANI值达到99.2%，远超物种界定标准。这项发现不仅为海洋环境修复提供了新的"微生物清洁工"，更揭示了CYP450酶系在卤代芳烃降解中的潜在作用，为设计新型生物降解策略点亮了指路明灯。