新西兰肉鸡农场空肠弯曲杆菌定植的纵向调查：传播载体与储存宿主的基因组溯源研究

这篇研究通过纵向调查和全基因组测序(WGS)技术，揭示了新西兰肉鸡农场中空肠弯曲杆菌(Campylobacter)的主要传播途径。研究发现，农场内残留的前批次鸡群(ST6964菌株)和捕鸡人员设备是主要污染源，而野生动物、饲料和水源未显示传播关联。该研究为行业制定针对性生物安全措施提供了关键数据，对降低弯曲杆菌病(campylobacteriosis)公共卫生风险具有重要意义。

　　

纵向调查设计

研究团队在新西兰典型肉鸡农场开展为期6个月的纵向监测，选取K2鸡舍作为主研究场所，同步设置K3鸡舍作为对照。通过标准化采样方案收集738份样本，涵盖潜在储存宿主（野生动物粪便、土壤）、传播载体（捕鸡设备、昆虫）、鸡舍环境（饮水线、垫料）及鸡群样本（泄殖腔拭子、盲肠内容物），采用Bolton肉汤富集和mCCDA平板培养进行分离。

关键发现

1. 1.

   时空传播模式

   • •

     前批次鸡群盲肠样本100%检出空肠弯曲杆菌（10/10），清洁消毒后鸡舍样本转阴

   • •

     研究鸡群35日龄首次检出（恰逢首次捕鸡作业后），随后检出率骤增至52%（38/73）

   • •

     捕鸡设备样本阳性率高达45%（59/131），与鸡群优势菌株ST6964高度同源

2. 2.

   基因组溯源证据

   • •

     199株空肠弯曲杆菌全基因组测序揭示7种序列型(ST)，其中ST6964占53%（105株）

   • •

     核心基因组MLST分析显示：当前鸡群55%分离株（44/80）与前批次鸡株差异≤1个等位基因

   • •

     SNP分析证实捕鸡设备分离株（如叉车、鸡笼）与鸡群流行株存在零差异核心基因组

3. 3.

   排除性结论

   • •

     饲料（0/15）、饮用水（0/18）和飞行昆虫（0/29）样本均未检出

   • •

     种鸡场检测仅发现拉里弯曲杆菌(C. lari)，未传入商品代鸡群

   • •

     野生鸟类粪便检出ST45菌株，但未参与鸡群定植

耐药性与毒力特征

• •

  ST6964菌株均携带tetO耐药基因和gyrA C257T突变（导致T86I氨基酸替换），介导四环素和氟喹诺酮类耐药

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  82% ST6964菌株携带traC基因（IV型分泌系统组分），提示潜在毒力增强

• •

  新发现的ST12269菌株（SLV of ST3663）在野兔粪便与鸡舍过渡区同时出现

行业启示

1. 1.

   生物安全重点

   • •

     加强批次间清洁消毒，特别关注甲虫等节肢动物隐匿传播

   • •

     规范捕鸡作业流程：建议设备彻底干燥，延长消毒剂接触时间至15分钟

2. 2.

   公共卫生意义

   • •

     加工后胴体冲洗液仍检出ST6964（42%阳性率），提示需优化屠宰干预措施

   • •

     该菌株在2019年新西兰源解析研究中占人源病例第四位，证实农场控制可直接影响疾病负担

方法学创新

研究首次整合：

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  高频次采样（5天间隔）与全基因组溯源

• •

  平行监测同农场不同鸡舍（K2/K3）

• •

  捕获设备微生物组动态分析

该成果为理解弯曲杆菌在集约化养殖场的传播生态提供了范式，其"农场-加工链-公共卫生"三位一体的研究框架值得全球禽业借鉴。