肯尼亚与乌干达地区2010-2021年B型流感病毒流行病学动态与基因组进化研究

本研究通过牛津纳米孔测序技术（ONT）生成83株近完整IBV基因组，结合公共数据集分析，揭示了东非地区B型流感病毒（IBV）的交替谱系优势、抗原突变模式及糖基化位点变化，证实当地毒株与全球流行株高度一致，为热带地区疫苗选择提供了关键数据支持。

　　

B型流感病毒（IBV）每年造成全球29-65万死亡病例，在热带地区却因监测不足导致流行病学认知存在显著空白。肯尼亚和乌干达作为东非重要哨点，长期面临两大挑战：一是IBV疾病负担沉重却缺乏国家免疫政策，二是疫苗株选择依赖北半球推荐而缺乏本地数据支持。更令人担忧的是，COVID-19大流行期间IBV活动异常沉寂，B/Yamagata谱系甚至疑似灭绝——这些未解之谜亟需基因组层面的破解。

《BMC Infectious Diseases》最新发表的这项研究，通过多中心协作给出了答案。研究人员整合了2010-2022年间肯尼亚基利菲健康监测系统（KHDSS）门诊、儿科住院病例，以及乌干达COAST临床试验的呼吸道样本。采用牛津纳米孔测序技术（ONT）获得83株近完整基因组，结合全球流感数据库（GISAID）的2994株B/Victoria和2088株B/Yamagata毒株进行比对。关键技术创新在于优化ARTIC引物方案提升测序效率，并运用迭代组装算法（IRMA）处理高变异的流感基因组。

谱系动态与全球一致性

数据显示B/Victoria谱系在监测期内占主导（91%），但2016年肯尼亚和2019年乌干达出现短暂共循环。值得注意的是，B/Yamagata毒株自2019年后完全消失，印证了该谱系可能灭绝的假说。时间树分析揭示当地毒株与欧美、亚洲毒株高度混杂，仅少数位点（如HA1域T147A）呈现地域特异性突变。

抗原进化特征

血凝素（HA）抗原位点分析发现：

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  B/Victoria亚系V1A.3a.2在2020年后成为优势株，其HA1域162-164位点发生3氨基酸缺失

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  糖基化位点197的丢失与病毒受体结合特性改变相关

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  抗原120环（116-137位）和190螺旋（194-202位）累积最多突变，与疫苗逃逸潜力相关

传播动力学启示

祖先状态重建显示肯尼亚毒株存在28次输入事件（主要来自美国、日本），而乌干达毒株则与肯尼亚存在区域传播链。值得注意的是，尽管检测到7次病毒输出事件，但未发现洲际传播证据，表明东非可能更多扮演"病毒接收者"而非扩散源的角色。

这项研究首次系统描绘了东非IBV的分子流行病学图谱，其核心价值在于：

1. 1.

   证实热带地区IBV进化与全球高度同步，支持现行疫苗策略的有效性

2. 2.

   发现COVID-19非药物干预可能加速了B/Yamagata谱系的自然消亡

3. 3.

   建立ONT技术在资源有限地区流感监测的应用范式

研究局限性在于样本时空覆盖不均衡（乌干达仅3年数据），且未评估疫苗实际接种效果。作者呼吁加强非洲实验室网络建设，以应对未来可能出现的新谱系更替。正如论文通讯作者Charles N. Agoti强调："基因组监测是破解热带传染病进化谜题的金钥匙——这项研究为东非地区流感防控政策制定提供了不可替代的基线数据。"