胡椒属复合体的物种边界解析：基于多基因谱系的Piper amalago种团单系性验证

（编辑推荐）本研究通过Angiosperms353靶向捕获测序技术，结合最大似然法（ML）和多物种溯祖模型（MSC），揭示了胡椒属P. amalago复合体实为具有广泛形态变异的单系种团，为巨型属（>500种）的物种界定提供了"合并派"（lumpers）的分子证据，挑战了传统分类学依赖毛被特征（如P. martensianum的长柔毛）的拆分策略。

　　

Highlight

采样、DNA提取与测序

为精准界定物种，我们遵循Carstens等（2013）建议，对22份P. amalago、7份P. martensianum及近缘窄域种（附录1）进行多基因靶向捕获。采用Angiosperms353探针组获取核基因数据，平均每个样本捕获351个基因（附录2），286个符合75%覆盖率的基因（平均长度875 bp）用于构建系统发育树。

序列数据

26%的读长成功比对至目标基因，仅33个基因检测到旁系同源（paralogs）。通过串联法和溯祖法分析，发现P. amalago复合体在核基因数据中呈现强烈单系信号，但内部支系支持率低（图2-3）。

物种界定

所有分析均支持P. amalago与P. martensianum等名义分类单元构成单系群（bootstrap>90%）。但模式标本（图2-3红标）未能形成独立分支，暗示毛被差异（如>1 mm长柔毛）可能为表型可塑性（phenotypic plasticity）所致，而非谱系特异特征。

结论

分子系统学与形态地理数据共同支持将P. amalago复合体处理为单一种类。该广泛分布种展现出惊人的形态多样性，其毛被变异或与微环境适应（如UV辐射、传粉压力）相关。未来需增加模式标本采样以验证这一假说。