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靶向NMDA受体的香料生物活性成分探索:基于计算与实验方法发现神经功能障碍治疗新先导化合物
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年09月03日 来源:Bioorganic & Medicinal Chemistry 3
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本文通过计算机辅助药物发现(CADD)技术,结合分子对接(molecular docking)、分子力学(MM)和分子动力学(MD)模拟,筛选134种香料来源的生物活性成分靶向N-甲基-d-天冬氨酸(NMDA)受体,发现姜黄素(IC50 2.36?μM)与槲皮素的潜在抑制活性,并通过生物等排体替换策略优化其血脑屏障(BBB)穿透性,为阿尔茨海默病(AD)等神经退行性疾病的治疗提供新思路。
亮点
NMDA靶蛋白(N-methyl-d-aspartate receptor)制备
NMDA受体(PDB ID: 5H8N,含GluN1/GluN2A亚基)的X射线晶体结构通过薛定谔软件"蛋白制备工作流"优化,包括氢原子添加、缺失环补全及生理pH值环境调整。
分子对接
如图2所示,NMDA受体(5H8N复合5YD配体)经格点生成和重对接验证(RMSD=1??)后,对香料成分库进行高通量虚拟筛选(HTVS),姜黄素和槲皮素显示出优于美金刚(memantine)的结合潜力。
体外ELISA分析
NMDA免疫测定(图6)显示,美金刚IC50为736.48?nM,而姜黄素IC50为2.36?μM。天然产物的低生物利用度可能是活性差异的主因。
生物等排体替换策略
通过薛定谔"配体设计模块"分析姜黄素结构,生成150种生物等排体(图7)。经分子对接和力学评估,筛选出5种优化BBB穿透性的候选分子,其中最优分子通过MD模拟验证。
结论
本研究首次系统揭示姜黄素与NMDA受体的结合模式,并通过生物等排体改造策略突破其成药性瓶颈,为神经退行性疾病药物开发提供新工具分子。
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