加州葡萄园哈茨木霉复合体生防菌株DL1-3、KC1-1和PAR10的线粒体全基因组解析及其分类学意义

本研究通过高通量测序技术首次报道了加州葡萄园来源的哈茨木霉复合体（Trichoderma harzianum Rifai complex）生防菌株DL1-3（29,197 bp）、KC1-1（27,631 bp）和PAR10（29,122 bp）的完整线粒体基因组，揭示其携带15个核心蛋白编码基因、25-26个tRNA及2个rRNA基因。系统发育分析表明DL1-3和PAR10为潜在新种，KC1-1确认为哈茨木霉菌株，证实线粒体基因组比较可为木霉属（Trichoderma）物种鉴定及新种发现提供关键分子依据。

　　

Abstract

加州葡萄园叶片分离的哈茨木霉复合体菌株DL1-3、KC1-1和PAR10完成线粒体基因组测序，长度分别为29,197 bp、27,631 bp和29,122 bp。所有菌株均含15个核心线粒体蛋白编码基因、25-26个tRNA基因及2个rRNA基因。基于管家基因和线粒体序列的系统发育树将其归入哈茨木霉分支，其中DL1-3和PAR10为潜在新种，KC1-1被鉴定为哈茨木霉菌株。

Introduction

葡萄藤真菌性枝干病害（fungal trunk diseases）严重影响产量，长期防控需依赖生物农药（biopesticides）。哈茨木霉复合体作为重要生防资源，其分类学因遗传信息不足存在争议。本研究通过线粒体基因组比较，为厘清该复合体分类提供新依据。

Materials and methods

菌株分离自加州三地葡萄园叶片（Delano、King City、Parlier），经形态学（孢子形态、菌丝分支）和管家基因（its、rpb2、tef1）初步鉴定。采用NovaSeq 6000 PE150平台测序，SPAdes组装后经GeSeq注释，使用MEGA 11构建最大似然树（Tamura-Nei模型，500次bootstrap）。

Results and discussion

形态特征：三株菌均呈现木霉属典型绿色孢子，KC1-1孢子密度最高，PAR10分布最广。

基因组特征：

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  GC含量27.45%-27.57%

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  DL1-3和PAR10在细胞色素c氧化酶亚基1（cox1）含1246 bp内含子

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  KC1-1在ATP合成酶亚基9（atp9）含1080 bp内含子

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  PAR10特有开放阅读框orf230

系统发育：线粒体编码区（12蛋白+2 rRNA）分析显示：

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  KC1-1与已知哈茨木霉（MN56945.1）聚枝（bootstrap值>95%）

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  DL1-3和PAR10分别形成独立进化枝，支持其新种地位

Conclusions

线粒体基因组比较有效解决了哈茨木霉复合体的物种界定问题，尤其对地理分布特殊的北美西部菌株（仅1例既往报道）。DL1-3和PAR10作为潜在新种，其生防特性与基因组差异的关联值得后续探索。

（注：全文严格依据原文数据，未添加非文献内容；专业术语如"cox1"、"bootstrap"等保留原文格式；去除了文献引用标识及Figure按钮）