中国西南高原藏猪腹泻病中两种新型病毒的发现及其进化特征与致病关联研究

（编辑推荐）本研究首次在中国西藏高原腹泻藏猪中鉴定出猪源双顺反子病毒(DCV)和圣瓦列里安样病毒(StVV)，通过宏基因组测序获得DCV/porcine/CHN/SCdc-2024和StVV/porcine/CHN/SCdc-202402全基因组序列。系统进化分析显示DCV可能代表双顺反子病毒科新属，而StVV形成独立进化分支。病例对照研究证实DCV与猪腹泻显著相关（p<0.0001），为动物病毒跨种传播和致病机制研究提供重要线索。

　　

引言

西藏高原独特环境中生长的藏猪面临病毒性腹泻的严重威胁。本研究针对海拔4000米的四川甘孜藏族自治州牧场，采集87份藏猪粪便样本（27份腹泻/60份无症状），通过病毒宏基因组学首次揭示13种哺乳动物病毒组成，其中双顺反子病毒(DCV)和圣瓦列里安样病毒(StVV)的发现具有突破性意义。

材料与方法

采用超速离心结合0.22μm过滤富集病毒颗粒，Illumina Novaseq6000平台进行150bp双端测序。通过SPAdes组装和Kraken2分类，使用MEGA11构建最大似然树（1000次重复）。设计特异性RT-PCR引物（DCV扩增片段681bp，StVV 824bp）进行流行病学调查。

结果与讨论

病毒组特征

腹泻样本中轮状病毒A型(33.73%)和猪嵴病毒(20.82%)占比最高，首次检出的DCV(0.2%)和StVV(0.2%)虽丰度低但意义重大。值得注意的是，山羊源肠道病毒JL14株的检出提示跨物种传播风险。

DCV基因组突破

DCV/porcine/CHN/SCdc-2024株(8,311bp)呈现典型双顺反子结构：ORF1编码非结构蛋白（含Hel-Pro-RdRp域），ORF2编码结构蛋白（含Rhv-CrPV域）。RdRp区V81/N1409/K1538和衣壳蛋白L680/G729的特异突变使其与大熊猫源毒株（97.4%同源）共同构成双顺反子病毒科新进化分支，与已知Aparavirus/Cripavirus/Triatovirus属核苷酸差异达60%以上。

StVV进化特性

StVV/porcine/CHN/SCdc-202402株(6,409bp)在RdRp区携带27个独特氨基酸变异（如I1181/R1431），衣壳蛋白区存在24个特征位点（如Q1703/R1705）。虽与日本株NUP-24全基因组相似性达82.6%，但遗传距离(0.2862-0.2940)显著大于其他猪源毒株间差异(0.0556-0.1174)，提示中国流行株可能代表Valovirus属新物种。

流行病学关联

DCV在腹泻样本中检出率高达77.8%(21/27)，与健康组差异极显著(p<0.0001)；StVV检出率7.4%(2/27)且均与DCV共感染。病毒分离尝试在Vero/PK-15细胞中未获成功，推测可能与肠道细胞嗜性相关，未来需采用IPEC-J2细胞或类器官模型优化培养条件。

结论

本研究填补了双顺反子病毒在猪科宿主和StVV在中国分布的空白，DCV/porcine/CHN/SCdc-2024可能代表双顺反子病毒科新属，而StVV/porcine/CHN/SCdc-202402展现出独特的中国本土进化特征。DCV与腹泻的强相关性为藏猪疾病防控提供了新靶点，后续需深入探究其跨物种传播机制和致病性。