线粒体-核基因组不协调的解谜：揭示红背田鼠属（Clethrionomys）与高山田鼠属（Alticola）跨属渐渗的古老杂交证据

这篇研究通过整合转录组和线粒体数据，首次在全基因组尺度解析了红背田鼠属（Clethrionomys）与高山田鼠属（Alticola）间线粒体-核基因组不协调（mito-nuclear discordance）的进化机制。研究结合分歧时间估算与高通量测序（RNA-seq/quaddRAD-seq），证实高山田鼠亚属Aschizomys的线粒体系统发育同时受到古老渐渗（ancient introgression）和祖先多态性保留的影响，为啮齿类跨属杂交的进化意义提供了新见解。

　　

亮点

本研究首次基于全基因组数据揭示了红背田鼠属（Clethrionomys）与高山田鼠属（Alticola）间线粒体-核基因组不协调的复杂进化模式，证实线粒体系统发育同时受到古老渐渗和祖先多态性保留的双重影响。

关键发现

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  分歧时间对比：核基因组与线粒体基因组的分歧时间估算显示，高山田鼠亚属Aschizomys的线粒体谱系（尤其是Alticola macrotis）与红背田鼠物种C. centralis的分化时间显著晚于其他节点（图3），暗示存在线粒体捕获事件。

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  渐渗信号检测：尽管应用多种渐渗检测方法（如D统计、PhyloNet），未发现明确的核基因组跨属渐渗证据，但部分检测结果呈现矛盾模式，可能反映方法敏感性或复杂的进化历史信号。

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  生态隔离悖论：两属物种在形态、生态位（如Alticola栖息海拔高达6000米）和分布上完全隔离，但线粒体基因流仍可能通过罕见杂交事件实现。

结论

研究为啮齿类跨属杂交的进化后果提供了关键案例，强调线粒体基因组在物种界定中的局限性，并为理解线粒体-核基因组协同进化机制开辟了新视角。