Xpert Carba-R与Xpert vanA/vanB PCR样本合并检测技术：碳青霉烯酶肠杆菌和万古霉素耐药肠球菌定植筛查的高效解决方案

本研究创新性评估了Xpert Carba-R和Xpert vanA/vanB PCR合并检测技术对碳青霉烯酶肠杆菌（CPE）和万古霉素耐药肠球菌（VRE）的筛查效能。结果显示，CPE合并检测灵敏度达94.4%（95%CI 74.2–99.0），特异性100%，尤其适用于低流行率场景；而vanB基因因假阳性率较高需培养确认。该策略显著缩短检测周转时间（TAT）50%，为临床微生物诊断提供了资源优化的新范式。

ABSTRACT

碳青霉烯酶肠杆菌（CPE）和万古霉素耐药肠球菌（VRE）的定植筛查是医院感染控制的关键环节。本研究通过Xpert Carba-R和Xpert vanA/vanB PCR检测直肠拭子样本，评估合并检测技术的性能。CPE合并检测表现卓越，灵敏度94.44%（95%CI 74.2–99.0），特异性100%，阳性预测值（PPV）和阴性预测值（NPV）均达100%与99.78%。而VRE检测因vanB基因假阳性问题特异性降至75.86%，凸显需培养确认的必要性。

IMPORTANCE

CPE和VRE因治疗选择有限成为全球公共卫生威胁。研究证实PCR合并检测在低流行率场景下可显著提升实验室效率，缩短周转时间50%，为临床提供快速精准的筛查方案。

INTRODUCTION

CPE和VRE通过质粒介导的耐药基因传播，主要定植于住院患者胃肠道。传统培养法需18-72小时，而Xpert Carba-R（检测bla_KPC/bla_OXA-48/bla_NDM/bla_VIM/bla_IMP）和Xpert vanA/vanB PCR可在1小时内完成检测，但成本较高。COVID-19疫情期间的合并检测经验为本研究提供了技术借鉴。

MATERIALS AND METHODS

研究分临床前（回顾性验证）和临床（前瞻性对照）两阶段。采用6样本合并策略，通过Ct值分析检测限。以培养法结合MALDI-TOF MS和PCR确认为金标准。

RESULTS

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  CPE检测：临床阶段667例样本中，116个合并池检出17个阳性，仅1例bla_KPC假阴性。bla_NDM检测到非肠杆菌的鲍曼不动杆菌，仍具临床意义。

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  VRE检测：vanA表现优异（灵敏度100%，特异性92.59%），而vanB因非肠球菌来源基因导致61.29%假阳性，Ct值显著高于真阳性（34.5 vs 26.7）。

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  时效分析：CPE检测TAT从34小时缩短至17小时，VRE因阳性池需复测改善有限。

DISCUSSION

研究揭示了合并检测的两大价值：

1. 1.

   CPE筛查：在1.4%低流行率下可替代培养法，尤其对bla_OXA-48和bla_KPC检测稳健。

2. 2.

   vanB困境：需重新评估其临床意义，建议结合Ct阈值（>32需谨慎判读）或开发特异性引物。

局限性包括bla_IMP/bla_VIM阳性样本不足，以及未建立个体样本与合并池Ct值的定量关联。未来研究可优化池大小（如3-5样本）并探索自动化合并流程。

该策略为耐药菌防控提供了"快筛-精鉴"双阶段解决方案，其经济学效益（减少隔离天数）值得后续研究。