益生菌酿酒酵母对局部阴囊热暴露后免疫反应、睾丸功能、血清垂体-性腺激素及应激标志物的调控作用

本研究通过全基因组重测序构建了五指山猪（WZS）的基因组变异图谱（含12,844,858个SNPs、4,723,303个InDels、39,311个CNVs和70,392个SVs），揭示其高遗传多样性（ROH分析显示近交程度低）和独特种群结构。通过多组学整合分析（含eQTL、单细胞转录组和表观基因组），鉴定出与繁殖（ABCC9/APC2）、免疫（ITPR1/SLC25A13）、肉质（GANC）及热耐受（LRRC25/GABPB1）相关的关键基因通路，为畜禽抗逆育种提供重要遗传资源。

　　

亮点

在全球气候变化背景下，五指山猪（WZS）作为耐高温高湿的珍稀猪种，其基因组特征解析对理解环境适应性机制至关重要。

测序数据获取与变异检测

本研究使用前期测序数据（原始数据见附表），经fastp（v0.20.1）质控后比对猪参考基因组。参数设定：最低碱基质量值10，过滤含50%以上低质量碱基或超过10个N碱基的reads。

WZS猪的SNP/InDel/CNV/SV变异图谱

共鉴定12,844,858个SNPs、4,723,303个InDels、39,311个CNVs和70,392个SVs（过滤标准见方法）。Tbtools绘图显示：SNPs在1/2/6/7/9/10/14号染色体富集，InDels在1/4/6-10/12号染色体密度较高，CNVs在1/5/7/9/14号染色体呈现显著峰，SVs在1/4/6/7/9/13号染色体分布密集。

讨论

长期自然选择与人工育种在基因组留下选择印记。本研究通过多类型变异（SNPs/InDels/SVs）分析，结合连锁不平衡衰减和有效群体规模评估，证实WZS猪具有独特遗传特征。整合转录组与表观组数据发现，LRRC25和ITPR1等基因可能通过远端调控元件（如eQTLs）影响热耐受和免疫功能，表观修饰或为关键调控机制。

结论

本研究构建的WZS猪基因组变异图谱揭示其作为重要遗传资源的潜力，为解析环境适应性分子机制及畜禽抗逆育种策略提供新见解。