从流产马驹样本中直接测序获得马立克体（Neorickettsia risticii）完整基因组：揭示PHF相关菌株的分子特征与流行病学意义

（编辑推荐）本研究通过宏基因组测序首次直接从流产马驹结肠样本中获得马立克体（N. risticii）完整基因组（KY18-EqFetus株），揭示其与参考株存在2024个变异位点及3个功能基因缺失。通过回顾性分析546份马粪样本（阳性率11.5%）和833份流产胎儿样本（阳性率1.08%），证实该病原体在临床病例（5-9月）与流产事件（9-12月）的时空分布差异，为波托马克马热（PHF）的疫苗研发和跨胎盘传播机制研究提供关键分子依据。

　　

亮点

本研究首次采用鸟枪法宏基因组测序技术（shotgun metagenomics）直接从存档的流产马驹结肠样本中成功组装出马立克体（N. risticii）KY18-EqFetus株的完整基因组，其基因组大小为879,923 bp，GC含量41.3%，与参考株Illinois相比存在2024个变异位点（包括插入缺失和单核苷酸多态性），并缺失3个编码小型假设蛋白的基因。

材料

研究纳入2017-2024年间546份出现波托马克马热（PHF）临床症状（发热、厌食、水肿等）马匹的粪便样本（412份粪便+134份肛拭子），以及2018-2024年间833份流产马驹结肠样本。样本年龄分布涵盖<1岁（n=102）、1-3岁（n=74）等多年龄段。

马粪样本中马立克体检出情况

实时荧光定量PCR（rt-PCR）检测显示，546份临床马粪样本中阳性率为11.5%（63/546），病例集中发生于5-9月，夏季达峰值。

流产马驹中病原体检出与尸检发现

833份流产胎儿结肠样本检出率为1.08%（9/833），阳性病例均出现于9-12月。所有阳性胎儿胎龄5-8个月，组织病理学均显示结肠炎特征。

讨论

PHF作为马匹重要传染病，其流产相关菌株的时空分布特征（较临床病例延迟1-3个月）暗示跨胎盘感染的特殊窗口期。基因组分析揭示KY18-EqFetus株独特的基因缺失模式，可能影响病原体毒力因子表达，这为解释当前灭活疫苗（含Illinois株）对流产预防效果不佳提供了分子层面的证据。

作者贡献声明

Lynne Cassone：文稿审阅与调查；Sinem Beyhan：数据验证与可视化分析；Jacob Durazo：生物信息学分析；团队其他成员分别参与样本检测、数据整理或文稿修订工作。

利益冲突声明

作者声明不存在可能影响本研究结果的财务或个人关系。

致谢

感谢肯塔基大学兽医诊断实验室全体人员的技术支持。