意大利猪水疱病病毒(SVDV)1992-2015年遗传进化分析：揭示长期流行毒株的进化动力与重组事件

本研究针对意大利1992-2015年间流行的猪水疱病病毒(SVDV)第四抗原变异株，通过全基因组测序揭示了其进化规律。研究人员对152株病毒进行系统分析，发现两个亚谱系共循环现象，并首次鉴定出2B编码区的重组事件。该研究阐明了SVDV在缺乏正向选择压力下的长期进化特征，为动物疫病防控提供了重要分子流行病学依据。

　　

猪水疱病病毒(Swine Vesicular Disease Virus, SVDV)作为小RNA病毒科成员，自1966年在意大利首次发现后，持续对欧洲养猪业构成威胁。尽管该病毒在20世纪90年代后主要表现为亚临床感染，但其与人类柯萨奇B5型病毒的高度同源性始终引发公共卫生担忧。意大利作为SVDV的长期流行区，在实施国家根除计划期间积累了600余株病毒分离株，为研究RNA病毒的长期进化提供了独特样本。

这项发表在《Virus Evolution》的研究，由意大利动物预防研究所的Arianna Bregoli团队主导，通过对152株代表性毒株的全基因组测序(WGS)，系统解析了SVDV第四抗原变异株在23年流行期内的遗传演变规律。研究特别关注了两个关键科学问题：在缺乏明显抗原变异的情况下，病毒如何维持长期传播？基因组重组是否在病毒进化中发挥重要作用？

关键技术方法包括：1) 从IBRS2细胞培养物中提取病毒RNA，采用双重RT-PCR扩增覆盖全基因组的重叠片段；2) 使用Illumina MiSeq平台进行高通量测序，通过SeqMan软件完成基因组组装；3) 采用RDP 4.1和SimPlot软件进行重组分析；4) 运用BEAST 2进行贝叶斯系统发育和分子钟分析。

全基因组变异特征

对150株病毒7,297 bp全基因组的分析显示：1) 多蛋白编码区核苷酸和氨基酸一致性分别达85%和98%，证实第四抗原变异株的高度保守性；2) 结构蛋白中VP1变异最大(36% bp变异)，非结构蛋白中2A的dN/dS值最高(0.22)；3) 5'UTR存在4-85 nt的区块缺失，与既往报道一致。这些数据表明SVDV在长期流行中未受到显著正向选择压力。

重组事件发现

研究鉴定出20株重组病毒：1) 重组断点位于2B编码区(3,762 bp处)，将亚谱系2的P1区与亚谱系1的P3区融合；2) 分子钟分析显示该重组事件发生于2007年初，推测亲本毒株R1542(亚谱系1)和R1546(亚谱系2)在意大利南部共循环时发生；3) 2011年后重组株成为意大利主要流行株，直至2015年根除。

系统发育地理学

对136株非重组毒株的分析揭示：1) 亚谱系1自1993年起仅在意大利演化，2000年后主要局限于南部地区；2) 亚谱系2呈现两阶段流行：1993-1999年株与西班牙/葡萄牙毒株同源，2004年再现的毒株则与2003年葡萄牙株相关；3) 2006年亚谱系1毒株在伦巴第大区引发大规模疫情，形成两个明显传播波。

该研究首次完整描绘了SVDV在封闭生态中的长期进化轨迹，证实RNA病毒即使在没有显著抗原变异的情况下，仍可通过重组产生适应性优势株。发现2B蛋白编码区作为新的重组热点，为理解小RNA病毒基因组可塑性提供了新视角。从应用角度，研究证实国家监测计划对亚临床感染的RNA病毒根除具有可行性，为其他国家动物疫病防控提供了重要参考。