大豆脉坏死病毒(SVNV)阿拉巴马分离株全基因组测序揭示区域遗传变异特征

来自阿拉巴马的研究人员通过RNA测序和cDNA末端快速扩增(RACE)技术，首次解析了大豆脉坏死病毒(SVNV)SVNV17_Auburn_AL分离株全长16,563 nt的三分体基因组。该研究揭示了该毒株与田纳西、伊利诺伊和爱荷华分离株的高度相似性，同时发现S/M/L片段存在43-138个SNPs/indels，导致17-27个氨基酸变异，为SVNV的分子流行病学监测提供了重要数据。

　　

大豆脉坏死病毒(Soybean vein necrosis virus, SVNV)是一种首次于2008年在田纳西州发现的单链RNA病毒，属于正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)。其基因组由S(2,602 bp)、M(4,948 bp)和L(9,013 bp)三个片段构成，编码核衣壳蛋白(N)、非结构蛋白(NSs/NSm)、糖蛋白(G_N/G_C)和RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)。

2023年，研究人员从表现SVNV典型症状的大豆叶片中提取总RNA，采用Illumina NovaSeq 6000平台进行测序。通过比对田纳西参考株基因组，发现阿拉巴马分离株SVNV17_Auburn_AL在三个片段中共存在278个变异位点。特别有趣的是，所有片段5'端均具有相同的AGAGCA序列，与3'端形成类似其他正番茄斑萎病毒的"锅柄"结构。

蛋白质水平分析显示，这些变异导致17-27个氨基酸改变，其中糖蛋白和RdRp区域变异尤为显著。与阿拉巴马早期毒株相比，该分离株显示出4-6%的核苷酸差异，但与田纳西、伊利诺伊和爱荷华毒株的相似性高达97-99%，暗示SVNV存在明显的地理遗传分化。

该研究不仅完善了SVNV基因组数据库，其采用的RNA-Seq结合RACE的技术路线，为其他分段RNA病毒的全基因组解析提供了范本。发现的地理隔离导致的遗传变异，对理解病毒进化及制定区域化防控策略具有重要意义。