中国东北驯鹿中发现牛丙型肝炎病毒新基因型：宿主范围扩展与跨物种传播风险

本研究通过宏基因组测序在中国内蒙古驯鹿血清中鉴定出两种新型丙型肝炎病毒（RtHepV），其氨基酸同源性（74.8-75.0%）支持其作为牛丙型肝炎病毒（BovHepV）的新基因型（基因型3）。研究揭示了宿主切换（host-switching）和基因重组在病毒进化中的关键作用，为动物源性肝炎病毒的跨物种传播机制提供了重要证据。

　　

背景：

丙型肝炎病毒属（Hepacivirus）作为黄病毒科（Flaviviridae）的重要病原体，其成员肝炎C病毒（HCV）可导致人类肝硬化和肝癌。近年来，随着宏基因组技术的发展，多种动物源性丙型肝炎病毒相继被发现。本研究首次在中国东北地区驯鹿（Rangifer tarandus）中鉴定出两种新型病毒株RtHepV GH01和GH02，其基因组长度分别为8,904和8,901个核苷酸，编码2,802和2,801个氨基酸的多聚蛋白。值得注意的是，GH02株在NS5A蛋白区域存在单个氨基酸缺失，这一结构变异可能影响病毒的免疫逃逸能力。

材料与方法：

研究团队采集了21份驯鹿血清样本，通过Illumina NovaSeq 6000平台进行宏基因组测序，平均测序深度达445.5×（GH01）和58.1×（GH02）。采用RACE技术扩增基因组末端，使用RDP4软件包分析重组事件，并通过Jane 4构建宿主-病毒共进化模型。

结果：

1. 1.

   病毒特征：

   RtHepV与牛丙型肝炎病毒保加利亚9株（ON402465）的氨基酸同源性为75.0%（GH01）和74.8%（GH02），低于77%的物种划分阈值，因此被归类为Hepacivirus bovis的新基因型。E1和E2蛋白分别预测到3个和6个N-糖基化位点，这些修饰位点可能参与病毒入侵过程。

2. 2.

   进化分析：

   NS3蛋白系统发育树显示RtHepV形成独立分支，而NS5B区域则与保加利亚9株聚为一支，提示可能存在基因组重组。RDP4分析检测到7个重组事件，其中GH01株在核心蛋白-p7区域与中国的IME BovHep 01株（MN691105）相似度最高（83.3%），而在NS4A-NS5B区域则与欧洲株系关系更近。

3. 3.

   传播机制：

   共进化分析揭示宿主切换事件占主导（38.1%），显著高于共分化事件（33.3%）。驯鹿作为完全驯化的鹿科动物，与牧民的密切接触可能促进病毒跨种传播。虽然从蜱虫样本中未检出病毒，但机械传播媒介的作用仍需进一步研究。

讨论：

该发现突破了Hepacivirus bovis的宿主限制，首次证明该病毒可在反刍动物间跨物种传播。NS5A蛋白的缺失变异可能影响病毒复制效率，这一发现为研究丙型肝炎病毒非结构蛋白功能提供了新线索。研究强调在畜牧业发达地区，宿主接触导致的基因重组是病毒进化的重要驱动力。

结论：

驯鹿作为Hepacivirus bovis的新自然宿主，其与牲畜的生态重叠可能加速病毒变异。建议加强人畜共患病毒监测，特别是在旅游活动频繁的驯鹿养殖区。该研究为理解肝炎病毒的生态适应性提供了关键数据。