系统发育背景下STRUCTURE检测杂交信号的局限性评估

来自世界各地的研究人员针对STRUCTURE在跨物种杂交检测中的局限性展开研究。通过模拟杂交成种、幽灵谱系渗入等场景，发现该算法仅能有效识别近期杂交事件，对深时杂交或幽灵谱系基因流检测存在显著偏差。研究揭示了群体遗传聚类方法在古老/幽灵渗入检测中的固有缺陷，为进化生物学研究提供方法学警示。

　　

这项研究给系统发育研究中的杂交信号检测敲响了警钟。群体遗传聚类方法STRUCTURE虽被广泛用于近缘种群杂交分析，但其在跨深时谱系(deep phylogenetic scales)检测中的表现尚未充分验证。

通过计算机模拟多种跨物种杂交情境——包括杂交成种(hybrid speciation)、现存谱系与幽灵谱系(ghost lineages)的基因渗入(introgression)等，研究团队发现：当杂交事件发生在现存谱系间且年代较近时，STRUCTURE能准确识别杂种个体及其亲本来源；但对于深时(deep time)发生的杂交事件或涉及已灭绝/未采样谱系的基因流，该方法的检测效能显著下降。

特别值得注意的是，在杂交成种情境中，即便亲本贡献原本对称，STRUCTURE分析结果往往呈现极端不对称性——这种偏差随时间推移愈发明显。这些发现暗示，群体遗传聚类方法可能系统性遗漏古老或幽灵谱系的渗入信号，这或许解释了为何幽灵渗入现象长期未被进化生物学家关注。

研究者强调，在利用STRUCTURE进行跨谱系杂交分析时，需谨慎解读其输出结果，尤其当涉及深层系统发育关系或可能存在未采样谱系时。该研究为进化生物学领域的杂交检测提供了重要的方法论参考。