基于HRM技术开发水稻抗条纹叶枯病基因STV11功能标记

　　

摘要： 水稻条纹叶枯病是一种由灰飞虱传播的重要病害，对水稻(Oryza sativa L.)生产造成威胁，其病原为水稻条纹叶枯病毒(rice stripe virus, RSV)。为了加快水稻条纹叶枯病抗性品种选育进程，本研究旨在开发可以快速准确鉴定水稻条纹叶枯病抗性基因的功能标记，有助于提高水稻种质改良的效率。STV11是从籼稻Kasalath中鉴定的条纹叶枯病抗性基因。根据Kasalath型条纹叶枯病基因STV11^KAS的6个碱基缺失的功能性多态性序列差异，通过NCBI查找克隆序列(登录号：LOC_Os11g30910)，针对其第773~779位核苷酸在抗感品种上的差异序列，设计基于高分辨率熔解曲线(high-resolution melting curve, HRM)的功能性分子标记stvHRM-3。进一步，对所检测品种的目标片段的PCR产物进行测序分析以验证鉴定结果，并对部分江苏省试验品种进行抗条纹叶枯病表型和基因型的分析。通过HRM-PCR检测结合测序分析，筛选了STV11基因1个功能区域的功能标记stvHRM-3。利用stvHRM-3对包括江苏省晚粳组区试、迟熟中粳预试材料以及育种中间材料、部分品种资源等在内的520份粳稻材料的STV11基因型进行检测。结果发现，217份水稻材料为抗病基因型；294份材料为感病基因型；9份材料为抗感杂合基因型。基于功能标记鉴定为抗病基因型的材料均表现出高抗或抗病表型特征。基于HRM-PCR技术开发的基因功能标记stvHRM-3可以快速高通量鉴定水稻STV11不同基因型，具有潜在的育种应用价值。