南非辣椒果实中发现新型正番茄斑萎病毒(Orthotospovirus capsici)的全基因组测序及系统进化分析

来自荷兰的研究人员通过对南非进口辣椒(Capsicum sp.)的病毒组学研究，鉴定出一种新型正番茄斑萎病毒(Orthotospovirus capsici/CaV1)。该病毒核衣壳蛋白(N蛋白)与已知病毒同源性低于88%，系统进化分析揭示其与南非澳洲坚果环斑病毒(MRSV)构成独立进化分支，为植物检疫和病毒分类提供了重要依据。

　　

在南非进口辣椒中，科学家们捕获了一位神秘的"病毒新秀"——暂定名为辣椒正番茄斑萎病毒(Orthotospovirus capsici/CaV1)。这个戴着糖蛋白"王冠"(GP)的球形病毒拥有典型的三段式RNA基因组(L/M/S片段)，编码包括RNA聚合酶(L蛋白)和基因沉默抑制因子(NSs)在内的五个功能蛋白。

通过高通量测序技术，研究人员从出现黄斑症状的辣椒样本中拼凑出完整的病毒基因组拼图。最引人注目的是其核衣壳蛋白(N蛋白)的"身份证号码"——与近亲澳洲坚果环斑病毒(MRSV)的氨基酸相似度仅87.8%，突破了国际病毒分类委员会(ICTV)设定的物种界限阈值(90%)。系统进化树分析显示，这位"南非来客"与MRSV手挽手形成独立分支，与亚洲病毒群保持若即若离的关系，暗示非洲可能存在独特的正番茄斑萎病毒进化谱系。

尽管在病毒"派对"中还检测到马铃薯Y病毒(PVY)等"不速之客"，但CaV1的发现为植物病毒地理分布研究提供了新线索。其高达106,142X的测序深度和99.5%的基因组一致性，为后续建立快速检测方法奠定了坚实基础。这项研究不仅扩充了病毒"族谱"，更为跨境农产品检疫提供了精准的分子靶标。