基于BSA-seq和RNA-seq技术的条斑紫菜(Pyropia yezoensis)叶长相关候选基因筛选与分析

为解决条斑紫菜产量关键性状叶长的遗传机制问题，研究人员通过野生型(W)与红色突变体(R)杂交构建200个双单倍体(DH)群体，利用BSA-seq鉴定出9个含415基因的候选区域，结合RNA-seq发现572个差异表达基因(DEGs)，最终筛选出RPC2、Pif1等3个与叶长显著相关的关键基因，为分子育种提供重要靶点。

　　

这项关于条斑紫菜(Pyropia yezoensis)的精彩研究揭示了控制藻体长度的分子奥秘。科研团队巧妙地将野生型(W)和红色突变体(R)杂交，培育出具有四色扇形叶片的200个双单倍体(DH)品系。通过测量35日龄藻体长度，精心挑选20个"大长腿"和20个"小短手"品系构建极端混池。

BSA-seq(混池分离分析测序)技术大显身手，成功锁定9个关键基因组区域，涵盖415个潜在"身高管家"基因。更精彩的是，研究者从长短极端组各选3个代表进行RNA-seq(转录组测序)，在572个差异表达基因(DEGs)中，93个展现出明显的"长短阵营"特异性表达模式。这些基因主要活跃在RNA聚合酶活性、ATP依赖的染色质重塑和碳代谢等"细胞工厂"中。

经过"基因侦探"们的层层筛选，三个"明星基因"脱颖而出：DNA指导的RNA聚合酶III亚基(RPC2)、ATP依赖的DNA解旋酶(Pif1)和一个功能未知的"神秘蛋白"。qRT-PCR验证显示，这些基因在长短品系间表达差异显著，与藻体长度呈现完美"共舞"。这项研究不仅揭开了海藻"身高"的遗传密码，更为精准分子育种点亮了指路明灯。