综述：丹尼索瓦人古栖息地在塑造现代人类对病毒、细菌和寄生虫感染的遗传抗性中的作用

这篇综述通过地理空间技术分析丹尼索瓦人遗址的古气候与生物群落特征，揭示了其与现代人类遗传抗性（如TLR1-6-10基因簇、OAS1抗病毒通路）的关联，提出热带与寒带栖息地的病原体差异驱动了适应性基因（如HLA-H?02:07等位基因）的跨环境选择优势。

　　

引言

丹尼索瓦人对现代东亚、东南亚及大洋洲人群的基因组贡献显著，但其栖息环境与感染相关遗传性状的关联尚不明确。研究聚焦三个丹尼索瓦遗址（西伯利亚丹尼索瓦洞穴、青藏高原白石崖喀斯特洞穴、老挝眼镜蛇洞穴），结合古气候重建与病原体分布模型，揭示了寒带与热带栖息差异如何塑造免疫基因的适应性进化。

材料与方法

古气候与生物群落建模

基于PALEO-PGEM-Series数据集，使用k近邻算法（kNN）复原遗址的 K?ppen-Geiger 气候分类。结果显示，西伯利亚与青藏高原遗址为寒带季风气候（Dwc/Dwd），老挝遗址为季风性湿润亚热带气候（Cwa）。生物群落模型表明白石崖与丹尼索瓦洞穴属 boreal 森林，而眼镜蛇洞穴为热带季节性森林。

病原体适应性分析

通过布尔包络法评估8类病原体/载体的气候适宜性，包括蛔虫（Ascaris lumbricoides）、白纹伊蚊（Aedes albopictus）、间日疟原虫（Plasmodium vivax）、尼帕病毒（Nipah henipavirus）等。结果显示：

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  寒带遗址（如丹尼索瓦洞穴）适宜蜱传疾病（如伯氏疏螺旋体 Borrelia burgdorferi）但不支持疟疾传播；

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  热带遗址（眼镜蛇洞穴）对所有病原体均具高适宜性，尤其疟疾与蚊媒病毒。

结果

遗传遗产与病原体分布关联

现代美拉尼西亚人群（丹尼索瓦遗传占比4.5-5.5%）分布区与蛔虫、疟疾的高气候适宜区重叠，而蜱传疾病（如莱姆病）在此区域缺失。HLA-H?02:07等位基因（源自丹尼索瓦人）在越南南部高频分布，与当地疟疾、蛔虫病流行区高度吻合。

关键基因功能

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  CYP450酶系：丹尼索瓦特有变体可能增强热带毒素（如蛇毒、植物生物碱）代谢能力；

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  TNFAIP3基因：调控炎症反应，平衡免疫防御与自身免疫风险；

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  OAS1-3基因簇：通过抑制RNA病毒复制提升抗病毒能力。

讨论

跨气候适应性机制

寒带丹尼索瓦人可能通过APOL1单倍型抵抗利什曼原虫（Leishmania donovani），而热带群体则依赖TLR1-6-10基因簇应对疟疾等虫媒病。眼镜蛇洞穴的湿热环境驱动了针对复杂病原体（如间日疟原虫、尼帕病毒）的多重免疫适应。

现代医学启示

丹尼索瓦来源的等位基因（如HLA-H?02:07）在东南亚人群中的保留，提示其对热带传染病（如登革热、疟疾）的持续保护作用，同时也可能增加自身免疫疾病（如红斑狼疮）风险。

结论

丹尼索瓦人广谱的栖息地适应性（从寒带到热带）使其基因组积累了针对异质病原体压力的抗性基因库。这些基因通过杂交渗入现代人群，尤其在东南亚与大洋洲形成“古基因盾牌”，为理解人类免疫进化提供了关键线索。