全基因组RNA-蛋白质互作图谱测序技术PRIMseq构建人类RNA-蛋白质关联网络（HuRPA）

为解决RNA-蛋白质互作系统性解析难题，研究人员开发了PRIMseq（protein-RNA interaction mapping by sequencing）技术，通过邻近连接产生嵌合DNA序列，实现对RNA结合蛋白及其靶RNA的高通量鉴定。该研究在两种人类细胞系中构建了包含>35万组互作的人类RNA-蛋白质关联网络（HuRPA），发现LINC00339等肿瘤相关长链非编码RNA与多蛋白互作，并验证了SMC1A、PHGDH等非经典RNA结合蛋白的功能，为基因调控研究提供了全新工具和资源。

　　

在基因表达调控的奥秘中，RNA与蛋白质的精密互动（RNA-protein interactions）犹如生命交响乐的指挥家，但其结构多样性使得全面解析成为重大挑战。科学家们最新开发的PRIM^seq技术（蛋白质-RNA互作测序定位法）创新性地通过邻近连接反应，将RNA分子与蛋白质携带的DNA条形码共价连接，生成独特的嵌合DNA序列，经高通量测序解码后即可同时鉴定RNA结合蛋白（RBPs）及其结合的RNA靶标。

这项突破性技术应用于两种人类细胞系后，成功绘制出人类RNA-蛋白质关联网络（HuRPA），这张宏大的互作图谱收录了超过35万组关联事件，涉及约7,000种RNA和11,000种蛋白质。引人注目的是，其中2,610种蛋白质能与至少10种不同RNA结合，打破了传统对RNA结合蛋白的认知边界。研究团队重点验证了HuRPA网络中关联度最高的LINC00339——一种与肿瘤发生密切相关的长链非编码RNA（lincRNA），证实其确实具有广泛的蛋白质结合特性。

更令人惊喜的是，染色质空间结构调控因子SMC1A、SMC3和RAD21，以及代谢酶PHGDH等非经典RNA结合蛋白的RNA互作能力被首次系统证实。PRIM^seq技术的魅力在于，无需任何基因或蛋白质特异性试剂，就能实现RNA结合蛋白及其作用靶点的全局性发现与功能优先级排序，为从全新维度解析基因调控网络提供了强大工具。