系统性红斑狼疮药物靶点发现新策略：计算优先排序与B细胞成熟实验的整合研究

《Translational Research》：Combining computational target prioritization and a B cell maturation assay for target evaluation studies in systemic lupus erythematosus

本综述创新性地结合计算生物学算法（Priority index/Pi）与功能性B细胞实验验证，提出一套从GWAS数据中筛选并验证SLE（系统性红斑 erythematosus）疾病靶点的系统性研究框架。研究发现干扰素γ受体1（IFNGR1）、白介素家族（IL-2, IL-12A/B）、激酶（MAPK14, CHUK）等9个基因显著调控B细胞成熟与抗体分泌，为自身免疫疾病治疗提供新靶点与转化研究范式。

　　

^Highlight

^Background

系统性红斑狼疮（SLE）是一种高度异质性的慢性自身免疫性疾病，以自身抗体产生为特征，可能表现为危及生命的肾炎等症状。该疾病可影响皮肤、关节、中枢神经系统和肾脏等多个器官¹。当前可用治疗手段侧重于使用免疫抑制、抗炎药物和羟氯喹（hydroxychloroquine）^2,3来缓解症状，仍存在未满足的医疗需求。

^{Targets ranking and selection for experimental validation}

靶点选择使用Priority index（Pi）算法完成。简要来说，Pi以疾病特异性GWAS摘要数据（SNP和p值）作为输入，通过基因组邻近性、eQTL关联和物理基因启动子相互作用映射到“种子基因”。种子基因根据公开注释数据进一步评分，并叠加到全局基因网络图谱上。最后，计算网络中每个节点（基因）与种子基因之间的亲和力得分，并生成聚合优先级评分。

^{Genes of interest to validate in B cell assay experimentally}

实验验证研究中包含的靶点基因的支持证据总结于表1，包括：（i）使用SLE GWAS输入数据从约15,000个基因中的总体Pi排名；（ii）直接基因组支持（即“种子基因”状态），通过nGene状态（基于GWAS SNP的物理邻近性，考虑TAD结构）、cGene状态（基于免疫细胞染色体构象捕获数据，疾病SNP与基因启动子物理相互作用的证据）或eGene状态（基于eQTL数据）指示。

^{Effects of siRNA silencing on IgG secretion in culture supernatant}

基于我们新开发的B细胞成熟实验²³，我们在转染后三天和六天测量细胞培养上清液中IgG分泌水平，作为评估每个基因在B细胞成熟为抗体分泌细胞（ASCs）过程中功能作用的主要功能读数。我们将水平标准化为非靶向siRNA处理的细胞培养上清液中测量的水平。尽管转染后3天的IgG水平在供体间差异很大，但它们通常较低，因此我们主要关注转染后6天的IgG水平进行后续分析。

^{Discussion and Conclusions}

在本研究中，我们旨在开发一种转化策略来识别SLE的新药物靶点。我们首先使用Pi算法对GWAS数据进行排名来选择基因，然后通过siRNA敲降这些基因在B细胞成熟实验中的表型变化进行评估。接下来，我们使用RNA-seq探索了siRNA引起的功能改变背后的分子机制。

B细胞是SLE发病机制中的核心参与者，证据包括血清自身抗体水平升高、B细胞信号通路异常以及B细胞靶向治疗（如抗BAFF（B细胞激活因子）抗体belimumab）的疗效。因此，B细胞功能测定是评估SLE候选靶点的相关实验系统。