基于基因组与形态学整合方法重新界定石山苏铁复合体物种边界及其保护意义

本研究针对中国西南喀斯特地区石山苏铁复合体（Cycas sexseminifera complex）长期存在的分类争议，通过采用限制性位点关联DNA测序（RAD-seq）技术与形态学分析，首次完成对该复合体四个物种（C. ferruginea、C. longisporophylla、C. sexseminifera和C. spiniformis）的系统性研究。基因组学分析（系统发育重建、BPP、PCA）与形态统计均支持将其划分为两个演化支系，并提出基于整合物种概念（ISC）的新分类方案：保留C. ferruginea，并将另三个类群归并为重新界定的C. sexseminifera。该研究为珍稀苏铁类植物保护提供关键分类学依据，同时证明ddRAD-seq技术在大基因组裸子植物物种划分中的有效性。

　　

物种边界界定是保护生物学、生物地理学和进化生物学领域的核心课题，尤其对具有保护优先级的类群至关重要。传统单一依赖形态特征进行物种划分存在局限性，而分子数据能有效揭示隐存物种。中国西南喀斯特山区分布的六种形态相似的苏铁植物构成石山苏铁复合体（Cycas sexseminifera complex），其分类体系长期存在争议。

通过限制性位点关联DNA测序（RAD-seq）和形态学整合分析，本研究对该复合体中四个物种（含铁锈色苏铁^{C. ferruginea}、长孢苏铁^{C. longisporophylla}、石山苏铁^{C. sexseminifera}和刺叶苏铁^{C. spiniformis}）进行系统研究。全基因组数据的系统发育推断、群体混合模型（admixture）、贝叶斯系统发育与谱系地理学（BPP）以及主成分分析（PCA）一致表明：这些类群聚为两支——支系I仅含^{C. ferruginea}，支系II包含其余三个物种。基于六个关键形态特征的统计分析进一步佐证了分子数据结论。

依据整合物种概念（ISC），本研究将该复合体重定义为两个物种：保留^{C. ferruginea}，并将^{C. sexseminifera}、^{C. longisporophylla}和^{C. spiniformis}合并为新界定的石山苏铁（^{C. sexseminifera}）。研究不仅解决了喀斯特地区苏铁植物的分类争议，更展示了双酶切RAD-seq（ddRAD-seq）技术在大型基因组裸子植物复杂分类问题中的应用潜力。