法国野生秀丽隐杆线虫中奥赛病毒新变种的鉴定与基因组特征分析

来自法国的研究人员针对野生秀丽隐杆线虫中奥赛病毒(Orsay virus)的遗传多样性开展研究，通过宏基因组测序技术鉴定出四种新病毒变体(JUv2572/JUv2807/JUv2815/LUAv001)，其基因组与参考序列JUv1580具有96.1-98.9%的核苷酸同源性，为病毒进化研究和实验株系开发提供了重要资源。

　　

研究人员从法国腐烂植物材料中采集的野生秀丽隐杆线虫(C. elegans)中分离出四种奥赛病毒(Orsay virus)新变体。通过宏基因组测序获得近全长基因组序列，这些病毒基因组与参考序列JUv1580的核苷酸相似度为96.1-98.9%。

奥赛病毒是一种单链正义RNA病毒(single-stranded, positive-sense RNA virus)，具有双节段基因组结构(bi-segmented genome)，专门感染秀丽隐杆线虫。虽然尚未被国际病毒分类委员会正式分类，但其与野田村病毒科(Nodaviridae)病毒亲缘关系密切。病毒RNA1节段编码RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)，RNA2节段则包含两个开放阅读框，分别编码构成病毒衣壳的α蛋白和参与病毒释放的δ蛋白，这两种蛋白还能以融合形式(α-delta fusion)存在。

新发现的病毒株系JUv2572、JUv2807、JUv2815和LUAv001分别分离自法国伊夫里(48.8092°N, 2.3862°E)、桑特伊(49.12165°N, 1.95101°E)、奥赛(48.7015°N, 2.1725°E)和桑特伊(49.121°N, 1.951°E)地区。研究人员使用OP50大肠杆菌(E. coli OP50)喂养的琼脂平板培养受感染线虫，通过TRIzol裂解和Direct-zol RNA提取试剂盒获取总RNA。利用Illumina TruSeq Stranded Total RNA Kit构建文库，分别在MiSeq(2×250 bp)和NovaSeq(2×150 bp)平台进行双端测序。

原始测序数据在CZID平台进行处理，该平台采用Trimmomatic进行接头修剪，STAR/Bowtie2去除宿主序列，SPAdes进行组装，并通过NCBI核苷酸数据库进行序列比对。分析内容包括映射读段数、平均覆盖深度、GC含量、核苷酸/氨基酸相似度等关键参数。使用Clustal Omega进行多序列比对，MEGA11构建最大似然系统发育树(含1000次bootstrap重复检验)。

这些病毒分离株及其基因组序列的获得，为使用不同奥赛病毒株系开展实验研究以及病毒进化机制探索提供了宝贵资源。