Seclidemstat（SP-2577）在FET重排肉瘤中的转录组学效应与治疗潜力研究

本文推荐Seclidemstat（SP-2577）作为新型非竞争性LSD1抑制剂，通过逆转FET（FUS/EWSR1/TAF15）融合癌蛋白（如EWSR1::FLI1、EWSR1::WT1等）的转录活性，在多种罕见肉瘤（如尤文肉瘤、促结缔组织增生性小圆细胞肿瘤等）中展现广谱抗肿瘤效果。研究通过体外细胞活性实验和RNA测序（RNA-seq）证实其能显著调控数千基因表达，逆转致癌转录特征，为靶向FET重排肉瘤提供了新策略（临床试验NCT03600649）。

　　

引言

FET家族基因（FUS、EWSR1和TAF15）的染色体重排是多种罕见肉瘤的驱动因素，其融合癌蛋白通常包含氨基末端低复杂度结构域（LCD）和羧基末端DNA结合结构域（DBD），作为致癌转录因子（TF）发挥作用。FET重排肉瘤（如尤文肉瘤、促结缔组织增生性小圆细胞肿瘤（DSRCT）、透明细胞肉瘤和黏液样脂肪肉瘤）多为侵袭性恶性肿瘤，患者预后差，且直接靶向融合蛋白难度大。研究表明，抑制FET融合蛋白的关键调控因子（如染色质重塑复合物BAF、组蛋白去乙酰化酶HDAC和组蛋白赖氨酸去甲基化酶LSD1）是一种有前景的治疗策略。非竞争性LSD1抑制剂SP-2509可逆转尤文肉瘤中EWSR1::FLI1的转录活性，而其类似物Seclidemstat（SP-2577）已进入FET重排肉瘤的临床试验（NCT03600649），但其在FET融合阳性肉瘤中的药理活性尚未明确。

非竞争性LSD1抑制剂对FET重排肿瘤细胞系具有强效活性

研究通过细胞活性实验评估了Seclidemstat、SP-2509（非竞争性LSD1抑制剂）、OG-L002（不可逆LSD1抑制剂）和SP-2513（无LSD1抑制活性的结构类似物）对多种FET重排肉瘤细胞系的作用。结果显示，所有尤文肉瘤细胞系（A673、TC32、SK-N-MC和TTC-466）对SP-2509和Seclidemstat敏感，IC₅₀值分别为30-500 nM和290-700 nM，而对OG-L002和SP-2513耐药（IC₅₀ >30 μM）。类似地，DSRCT细胞系（JN-DSRCT-1和BER）、透明细胞肉瘤细胞系（SU-CCS-1和DTC1）和黏液样脂肪肉瘤细胞系（1765-92、402-91和DL221）均对非竞争性抑制剂敏感，但对催化抑制剂不敏感。值得注意的是，DL221细胞对非竞争性抑制剂的敏感性较低（IC₅₀ ~4-7.5 μM），但仍优于OG-L002。此外，融合阳性横纹肌肉瘤（FP-RMS）细胞系（RH4、RH30和CW9019）也表现出类似的敏感性模式，表明非竞争性LSD1抑制剂的活性不依赖于LSD1酶活抑制，且可能具有广谱抗融合癌蛋白活性。

Seclidemstat在尤文肉瘤中重现SP-2509的转录活性

通过RNA测序（RNA-seq）分析A673细胞（表达EWSR1::FLI1）中Seclidemstat和SP-2509的转录组效应，发现两者均能显著上调或下调数千个基因的表达，且差异表达基因（DEG）存在显著重叠（Jaccard指数高，P<0.05）。基因集富集分析（GSEA）显示，Seclidemstat处理下调了LSD1激活的基因（NES=-2.4373）和EWSR1::FLI1激活的基因（NES=1.8047），同时上调了LSD1抑制的基因（NES=2.16）和EWSR1::FLI1抑制的基因（NES=1.3087）。这些结果表明，Seclidemstat能有效逆转EWSR1::FLI1和LSD1的转录调控功能，且其效应与SP-2509高度相似，尽管由于Seclidemstat的细胞渗透性较低，其转录变化幅度略小。

Seclidemstat广泛改变FET重排肉瘤的基因调控

在多种FET重排肉瘤细胞系（包括表达EWSR1::ERG、EWSR1::WT1、EWSR1::ATF1和FUS::DDIT3的细胞）中，Seclidemstat处理均引起大量基因表达变化（上下调基因数均达数千个）。尽管不同细胞系间的DEG重叠较少（以细胞系特异性为主），但通路分析揭示了一致的功能变化：Seclidemstat下调了与细胞周期、RNA加工、线粒体代谢、胚胎干细胞程序和DNA复制相关的基因签名，同时上调了与细胞信号传导、发育、EWSR1::FLI1和PAX3::FOXO1抑制靶点以及细胞饥饿反应相关的通路。这些变化表明，Seclidemstat通过抑制增殖相关通路和促进分化相关通路，逆转了FET融合癌蛋白诱导的致癌表型。

FET融合蛋白具有显著的转录调控相似性

通过分析公开的RNA-seq数据（A673、TTC-466、JN-DSRCT-1、BER和DTC1细胞），研究发现不同FET融合蛋白（EWSR1::FLI1、EWSR1::ERG、EWSR1::WT1和EWSR1::ATF1）调控的基因存在显著重叠：847个基因被共同上调，351个基因被共同下调（Jaccard指数高，P<0.05）。这些共同调控的基因可能反映了FET融合蛋白共享的转录调控机制（如通过LCD介导的染色质重塑）。然而，大多数DEG仍为细胞系或疾病特异性，提示融合蛋白的转录效应也受细胞背景和特定DNA结合结构域的影响。

Seclidemstat逆转FET融合蛋白的转录活性

在DSRCT细胞（JN-DSRCT-1和BER）中，Seclidemstat处理显著下调EWSR1::WT1激活的基因，上调EWSR1::WT1抑制的基因（重叠基因的Jaccard指数高，P<0.05），且直接靶点基因的调控方向发生逆转。类似地，在透明细胞肉瘤细胞（DTC1）和尤文肉瘤细胞（TTC-466）中，Seclidemstat分别逆转了EWSR1::ATF1和EWSR1::ERG的转录签名。热图分析进一步证实了Seclidemstat对融合蛋白转录特征的全局性逆转作用。这些结果支持Seclidemstat作为广谱FET融合蛋白功能抑制剂的潜力。

讨论

本研究证实了Seclidemstat在多种FET重排和融合阳性肉瘤中的强效抗肿瘤活性，其作用机制可能涉及非LSD1依赖的路径（如破坏LSD1-核心调控因子相互作用或直接靶向FET融合蛋白的转录复合物）。转录组分析表明，Seclidemstat能逆转FET融合蛋白的致癌转录程序，调控关键增殖和分化通路。尽管不同细胞系的转录响应存在差异，但功能变化的一致性支持其临床转化价值。Seclidemstat目前已进入尤文肉瘤和相关肿瘤的临床试验，未来需进一步探索其与现有疗法（如HDAC抑制剂）的协同效应，以及其在进化治疗框架中的应用潜力。总之，Seclidemstat为FET重排肉瘤患者提供了一种新的治疗策略。