安第斯共同体SARS-CoV-2基因组监测（2020–2024）：通过“ORAS-CONHU”项目整合哥伦比亚、厄瓜多尔、秘鲁和玻利维亚的区域测序工作

本综述系统总结了安第斯共同体国家（哥伦比亚、厄瓜多尔、秘鲁、玻利维亚）在2020–2024年间SARS-CoV-2基因组监测的区域协作成果。研究依托ORAS-CONHU项目整合了16,867条基因组数据，揭示了病毒进化动态及变异株流行规律，强调了区域合作对应对新发传染病和建立可持续基因组监测网络的重要意义。

　　

引言

新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的大流行对拉丁美洲国家造成了严重影响，尤其是在秘鲁、哥伦比亚、厄瓜多尔和玻利维亚等国家，公共卫生系统一度崩溃，检测能力不足导致SARS-CoV-2在疫情初期难以控制。随着区域合作机制的加强，各国逐步提升了检测能力、推进大规模疫苗接种，并建立了持续的SARS-CoV-2基因组监测计划以追踪病毒演变。

本研究聚焦于安第斯共同体国家在ORAS-CONHU（Organismo Andino de Salud-Convenio Hipólito Unanue）协调下开展的SARS-CoV-2基因组监测工作，通过分析GISAID数据库中2020至2024年间的16,867条序列，系统描绘了该区域病毒株的演变历程、进化分支分布和系统发育特征。

材料与方法

数据来源于GISAID平台，涵盖玻利维亚、哥伦比亚、厄瓜多尔和秘鲁的SARS-CoV-2全基因组序列。为保障分析质量，筛选长度超过29,000个核苷酸的序列，并采用Nextstrain平台中的augur流程进行系统发育和进化动态分析。通过“subsample-max-sequence”方法优先选择遗传差异较大的序列，以增强系统发育树的分辨率。此外，利用R语言中的ggplot2和dplyr包对流行周别和进化分支进行统计和可视化。

结果

测序工作量的国家间差异显著。在2020–2024年间，秘鲁、哥伦比亚、厄瓜多尔和玻利维亚分别提交了56,855、31,482、12,619和754条序列。以COVID-19确诊病例数为基准，各国测序覆盖率分别为秘鲁1.25%、厄瓜多尔1.15%、哥伦比亚0.49%、玻利维亚0.06%，显示玻利维亚在基因组监测能力方面明显落后。

病毒进化方面，最初流行的是19A和19B谱系，2020年演变为20A、20B和20C。2021年出现了包括20J（Gamma）、21A（Delta）、21G（Lambda）和21H（Mu）在内的多种变异株。至2022年底，高传播性的奥密克戎（Omicron）变异株（21K、21L）成为主流，其后继续进化为22F、23A和23I（JN.1）等多个亚系，其中23I（JN.1）在2024年占据主导地位。

系统发育分析显示，尽管各国病毒演变存在一定特异性，但整体上呈现出一致的进化模式，反映了病毒在安第斯国家间快速传播的特点。

讨论

本研究揭示了安第斯共同体国家在SARS-CoV-2基因组监测方面的不均衡现状，特别是玻利维亚的测序覆盖率远低于区域其他国家。这种差异主要源于经济水平和公共卫生资源分配的不平等。实现区域性病原体基因组监测网络的可持续发展，需依托ORAS-CONHU等机制加强资源协调、技术培训与数据共享。

该研究不仅验证了先前关于拉丁美洲SARS-CoV-2变异株流行特征的报道，还提供了直至2024年的病毒进化动态全景描绘。未来，该区域监测网络可进一步扩展至结核病、呼吸道病毒（如流感、呼吸道合胞病毒）、虫媒病毒（如登革热、黄热病）等其他重要传染病，为应对新发和再现传染病威胁提供关键技术支撑。

结论

本研究系统阐述了2020–2024年间安第斯共同体国家SARS-CoV-2的基因组多样性及其演变趋势，凸显了基因组监测在疫情应对和病毒进化追踪中的关键作用。区域合作项目如ORAS-CONHU的实施显著提升了成员国应对公共卫生危机的能力，也为未来建立更广泛的病原体基因组监测网络奠定了基础。