赋能印度犬类基因组学：高密度SNP芯片Axiom_Shwaan的设计与验证及其在群体遗传研究中的应用

来自印度的研究人员针对印度犬类遗传多样性缺乏专用基因分型工具的问题，开发了首款高密度SNP芯片Axiom_Shwaan。通过对48个样本进行10×深度测序，从2300万原始SNP中筛选出629,597个标记，芯片验证显示99%的高检出率。该芯片成功区分11个印度犬种群体，为种群遗传学、选择信号识别及全基因组数据挖掘提供关键技术支撑。

　　

印度拥有943万只具有丰富表型多样性的犬类种群。通过基因组学(genomics)技术推动意识提升、保育和科学育种，可显著增强对印度特色犬种资源的保护与福利保障。本研究成功设计出专用于印度犬类基因组特征分析的高密度单核苷酸多态性(SNP)芯片。采用双末端150 bp测序策略对4个不同犬种群体的48个样本进行10×基因组覆盖度测序，遵循Axiom Array技术标准流程进行芯片设计。从初始鉴定的超过2300万个原始SNP中，经过严格过滤最终在印度犬专用芯片Axiom_Shwaan上固定了629,597个SNP标记。该芯片标记间平均距离仅3.8 kb，极大提升了犬类基因组覆盖度。通过对印度11个犬种/群体的186份样本进行基因分型(genotyping)验证，芯片显示出99%的高检出率，证明其适用于印度犬群研究并充分反映遗传多样性。主成分分析和系统进化分析清晰区分了本土犬种的独立群体。这款高密度SNP芯片将为种群遗传学(population genetics)、品种/选择特征识别、性状特异性生物标志物开发以及犬类多种能力的全基因组数据挖掘提供强大技术平台。