台湾副伤寒热疫情与肠道沙门氏菌帕拉蒂菲A血清型基因组学特征研究

本研究系统分析了2001–2024年台湾地区副伤寒热流行病学特征，通过全基因组测序（WGS）和药敏试验揭示当地帕拉蒂菲A血清型（S. Paratyphi A）的基因型分布（如ST129、paratype 2.4）与耐药机制（gyrA突变导致氟喹诺酮类非敏感率76.1%），证实2022年后本土病例暴发与印尼菌株高度同源，为溯源防控和抗生素策略（如一线药物敏感性强）提供关键分子依据。

　　

背景

副伤寒热是由肠道沙门氏菌帕拉蒂菲A血清型（S. Paratyphi A）引起的系统性传染病，主要在南亚和东南亚地区流行。台湾历史上该病罕见且多为输入病例，但自2022年起本土感染病例显著增加，引发对病原来源和传播途径的深入研究。

方法

研究团队分析了2001年1月至2024年12月台湾报告的223例副伤寒热病例的监测数据，并对2007–2024年间获得的88株S. Paratyphi A分离株（包括输入和本土病例）进行全基因组测序（WGS）和抗菌药物敏感性试验（AST）。通过系统发育分析和基因分型（如paratype和HierCC分型），评估菌株遗传相关性并与全球分离株比对以追溯潜在来源。

结果

流行病学数据显示，55.2%的病例为输入性感染，但2022年后本土感染成为主导。药敏试验显示，76.1%的分离株对萘啶酸耐药且对环丙沙星非敏感，主要源于gyrA基因第83密码子突变（S83F或S83Y）。多数本土分离株属于ST129和paratype 2.4，与印尼菌株高度同源。2022–2024年采集的31株本土分离株中，30株与印尼菌株聚类，其中28株基因组特征几乎一致，提示疫情可能源于共同外部来源（如污染的进口食品）。值得注意的是，所有分离株对阿莫西林、氯霉素、复方新诺明等13种传统一线抗生素均保持敏感。

基因组学比较

通过与国际数据库中的菌株比较，发现台湾paratype 2.4分离株与印尼、柬埔寨菌株聚集成簇，而与巴基斯坦、印度分离株遗传距离较远。cgSNP分析进一步揭示了paratype内部的地理特异性亚群结构。时间尺度系统发育分析估计，台湾暴发菌株的最晚共同祖先（tMRCA）可追溯至2015年（95% CI: 2011–2018），支持单一来源引入假设。

讨论

基因组证据表明，台湾本土S. Paratyphi A感染增加是一次 prolonged outbreak（ prolonged outbreak），而非持续的流行病学转变。菌株与印尼来源的高度一致性提示两国间存在潜在的传播链，可能通过污染食品或环境介质引入。尽管氟喹诺酮类耐药率高，但传统抗生素仍有效，为临床治疗提供了选择。空间分布分析显示病例分散且无明确人际传播证据，进一步支持共同来源暴露模式。

结论

本研究强调了基因组监测在感染源追踪和公共卫生响应中的关键作用。台湾近期副伤寒热暴发与印尼来源的S. Paratyphi A克隆株密切相关，其耐药特征和遗传同源性为制定针对性防控策略提供了科学依据。未来需结合食品溯源和环境监测以明确传播途径，并持续关注抗菌药物耐药性演变。