球形节杆菌噬菌体SilentRX全基因组测序揭示其溶菌特性与基因水平转移迹象

来自新罕布什尔大学等机构的研究人员完成了球形节杆菌噬菌体SilentRX的完整基因组测序（65,232 bp），鉴定出102个蛋白编码基因并确认其溶菌特性。该研究通过Illumina MiSeq测序和电镜技术揭示了噬菌体的形态特征（55 nm衣壳，215 nm尾部），其GC含量（67.12%）与宿主相近，但基因13存在潜在水平转移迹象，为噬菌体-宿主共进化研究提供重要参考。

　　

研究人员报道了感染球形节杆菌（Arthrobacter globiformis）NRRL B-2979的烈性放线菌噬菌体SilentRX的完整基因组序列。该噬菌体属于AP簇（actinobacteriophage cluster），具有典型的siphovirus形态——55纳米直径的衣壳和215纳米长的非收缩性尾部。其基因组长度为65,232 bp，包含102个预测的蛋白质编码基因，其中29个（28%）功能已知，10个为孤儿基因（无已知同源物）。

通过Illumina MiSeq v3测序（产生439.2k条100 bp单端读长）和Newbler v2.9组装，获得301倍覆盖度的闭合基因组。功能注释使用DNA Master、GLIMMER、GeneMarkS等工具，未发现tRNA基因。关键基因包括编码门户蛋白（portal protein）、末端酶（terminase）、头尾适配器（head-to-tail adaptor）和内溶素（endolysin）的基因，支持其溶菌生命周期。

值得注意的是，SilentRX整体GC含量为67.12%，与宿主（66.2%）相近，但基因13（推测DNA结合蛋白）的GC含量高达73.54%，提示可能存在水平基因转移事件。电镜样本通过1%醋酸铀负染制备，在Tecnai F20显微镜下观测形态。噬菌体分离自美国新罕布什尔州曼彻斯特的土壤样本，采用SEA-PHAGES直接分离方案，噬斑直径为0.2–1.2 mm，滴度达1.11 × 10¹⁰ pfu/mL。

研究由美国新罕布什尔大学团队完成，获霍华德·休斯医学研究所SEA-PHAGES项目及NH-INBRE（P20GM103506）资助。