野生刺莴苣内生芽孢杆菌科菌株基因组测序及其在可持续农业中的潜力分析

来自美国亚利桑那大学的研究人员针对野生近缘作物微生物组资源开发需求，利用Oxford Nanopore长读长测序技术完成了4株刺莴苣内生芽孢杆菌科菌株（Priestia megaterium SY0032、Bacillus velezensis SY1154等）的高质量基因组组装，为植物益生微生物的功能挖掘提供了重要遗传资源。

　　

研究人员从美国亚利桑那州图森市的野生刺莴苣（Lactuca serriola L.）根茎组织中分离出四株内生细菌，通过牛津纳米孔技术（Oxford Nanopore Technologies）R10.4.1流动槽进行测序，使用Flye v2.9.1完成基因组组装。经鉴定分别为Priestia megaterium SY0032（分离自茎部）、Bacillus velezensis SY1154（根部）、Bacillus inaquosorum SY1167（根部）和Bacillus subtilis SY1483（根部）。所有菌株通过表面消毒法获得纯培养，并经16S rDNA测序验证。

基因组DNA使用Promega Wizard试剂盒提取，采用连接测序试剂盒V14（酶E8.2.1）构建文库。Guppy v6.0进行高精度碱基识别，过滤掉<1,000 bp的短读长。通过国家生物技术信息中心（NCBI）的原核基因组注释管道（PGAP）v6.9完成注释，并使用EzBioCloud ANI和GTDB-Tk进行物种分类验证。

结果显示SY1154、SY1167和SY1483获得完整基因组，SY0032为草图基因组。组装大小范围4.04–5.47 Mbp，GC含量37.9–46.5%，编码基因3,986–5,825个。所有基因组数据已保存于GenBank（登录号GCA_045888035.1等）和SRA数据库（编号SRS23478179等）。该研究为解析野生植物内生菌的功能潜力及农业应用提供了重要基础数据。

研究获得亚利桑那大学农业、生命与环境科学学院支持，采样工作得到皮马县防洪区许可。菌株凭证标本保存于该校Gilbertson真菌标本馆。