人胸腔积液来源短真杆菌GTC20104的全基因组测序及其系统发育分析

来自日本的研究人员针对临床罕见分离的短真杆菌(Eubacterium brachy)开展了全基因组测序研究，成功解析了从人胸腔积液分离的GTC20104菌株完整基因组（1.59 Mb环状染色体），通过多技术平台测序和生物信息学分析证实其与ATCC 33089菌株的亲缘关系，为口腔-全身性疾病关联机制研究提供了关键基因组资源。

　　

研究人员成功完成从人类胸腔积液样本中分离的短真杆菌（Eubacterium brachy）菌株GTC20104的完整基因组测序。该革兰阳性厌氧球菌杆菌此前主要见于口腔感染灶（在牙周炎样本中检出率达35–42%），偶见于胸腔积液等深部部位。

菌株采用布鲁氏菌HK琼脂平板（含5%绵羊血）在37°C厌氧环境（82% N₂、10% CO₂、8% H₂）中分离培养。虽然基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）鉴定失败，但通过牛津纳米孔（Oxford Nanopore）长读长测序和Illumina短读长测序双平台技术（平均覆盖度分别为839×和465×）获得高质量序列数据。经Unicycler混合组装获得长度1,593,027 bp的环状染色体，GC含量38.0%，包含1,399个编码序列、6个rRNA、37个tRNA和2个CRISPR结构。

通过Type Strain Genome Server（TYGS）进行系统发育分析，显示该菌株与E. brachy ATCC 33089的数字化DNA-DNA杂交值为88.6%，支持其物种分类地位。该基因组数据为理解真杆菌属的致病机制和微生物跨部位传播提供了重要分子基础。