链霉菌噬菌体Riptide的完整基因组解析揭示核糖体相关蛋白编码基因及其潜在翻译调控功能

本研究由来自马里兰大学巴尔的摩县分校的研究团队，针对Streptomyces噬菌体基因组功能未知的问题，通过分离鉴定BE1簇噬菌体Riptide，完成其132,142 bp基因组的测序与注释，发现其编码236个蛋白基因（含核糖体蛋白uL24和L7/L12 C端结构域）、39个tRNA和1个tmRNA，为理解噬菌体-宿主翻译互作机制提供了新视角。

　　

研究人员从马里兰州奥登顿市花园土壤样本中分离出一株感染链霉菌（Streptomyces mirabilis NRRL B-2400）的噬菌体，命名为Riptide。透射电镜分析显示其具有典型的siphovirus形态特征：衣壳直径75纳米，尾部长度328纳米。该噬菌体呈现裂解性生活周期，在宿主菌上形成直径约3毫米的浑浊噬菌斑。

通过Illumina NextSeq 1000平台测序获得2,167,332条读长，经Cutadapt和Skewer质控后使用Unicycler进行组装，获得覆盖度约1,733倍的环状置换基因组。该基因组全长132,142 bp，GC含量49.6%，显著低于宿主菌的70%以上GC含量。经DNA Master、Glimmer和GeneMark等工具注释，共识别出236个蛋白质编码基因、39个tRNA基因和1个tmRNA基因。

特别值得注意的是，基因功能注释发现两个核糖体相关蛋白编码基因：基因156被鉴定为核糖体蛋白uL24（ribosomal protein uL24），而基因258和259则编码L7/L12核糖体蛋白C端结构域（ribosomal protein L7/L12 C-terminus domain）。这些发现表明Riptide可能通过编码核糖体组分来干预宿主细胞的翻译过程。此外，该噬菌体携带的39个tRNA基因与其他BE1簇噬菌体特征一致，可能有助于其在GC含量差异显著的宿主环境中优化翻译效率。

系统分类显示Riptide属于ICTV官方命名的Samistivirus属，其基因组特征为研究噬菌体-宿主协同进化及翻译调控机制提供了重要模型。