从患流行性甲壳病的美国龙虾中分离的Aquimarina muelleri全基因组测序及其毒力因子鉴定

来自美国的研究人员针对流行性甲壳病(ESD)的致病机制，完成了从患病美国龙虾甲壳分离的Aquimarina muelleri菌株的高质量全基因组测序。该研究采用PacBio Revio平台获得5.32 Mb完整染色体（GC含量31.52%），注释到4,552个编码基因，为揭示ESD的病原特性及新型毒力因子提供了关键基因组资源。

　　

研究人员报道了从患流行性甲壳病(epizootic shell disease, ESD)的美国龙虾(Homarus americanus)甲壳中分离的Aquimarina muelleri菌株的完整基因组序列。该革兰氏阴性菌属于黄杆菌科(Flavobacteriaceae)，在ESD病变部位高度富集。通过太平洋生物科学(PacBio)Revio平台进行测序，采用HiFi环形共识序列技术生成41,325条高质量读长（N50=14,271 bp），经Hifiasm组装获得单条5,320,888 bp染色体（GC含量31.52%，基因组覆盖度113×）。使用Prokka注释显示包含4,552个编码基因、46个tRNA、12个rRNA和1个tmRNA。基因组完整性经BUSCO评估达99.20%。该基因组为解析A. muelleri的致病机制及ESD相关毒力因子提供了重要基础。菌株分离自长岛海峡捕获的龙虾甲壳样本，经含硫酸卡那霉素(100 μg/mL)和几丁质(5%)的海洋培养基富集培养，通过16S rRNA测序（通用引物27F/1492R）完成物种鉴定。基因组可视化采用Proksee生成环形图谱，显示编码序列（蓝色）、tRNA（浅紫色）、rRNA（浅绿色）、tmRNA（橙色）及GC含量分布（黑色）等特征。

本研究受食品与农业研究基金会(FFAR)通过2024年兽医学生研究奖学金资助。